LICENCE Sciences, Technologies, Santé MENTION Sciences de la Vie PARCOURS Biodiversité-Écologie-Évolution

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Admission

Niveau(x) de recrutement

Public ciblé

Candidature

Programme

Contenu de la formation

Programme de L2, semestre 3

Commun aux parcours : Biologie-Santé ; Biodiversité-Écologie-Évolution ; International



 

Programme L2, semestre 4 

Commun aux parcours : Biologie-Santé ; Biodiversité-Écologie-Évolution

Programme de L3, semestre 5, Parcours Biodiversité - Ecologie - Evolution 

 

Programme de L3, semestre 6, Parcours Biodiversité - Ecologie - Evolution 

 

• Licence Sciences de la vie parcours international
  • Semestre 1 SL1SCV
    • Module 1.1 : Diversité du monde vivant 1 (UE)62 h - 8 Crédits ECTS
      • EP1.1 Diversité du monde vivant (Élément Constitutif)62 h - 8 Crédits ECTS
        • EP1.1 Diversité du monde vivant CM (Cours Magistral)33 h
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        EP1.1 Diversité du monde vivant CM
        Cours Magistral 33 h
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        • EP1.1 Diversité du monde vivant TD (Travaux Dirigés)13 h
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        EP1.1 Diversité du monde vivant TD
        Travaux Dirigés 13 h
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        • EP1.1 Diversité du monde vivant TP (Travaux Pratiques)16 h
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        EP1.1 Diversité du monde vivant TP
        Travaux Pratiques 16 h
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      EP1.1 Diversité du monde vivant
      Élément Constitutif 62 h - 8 Crédits ECTS
      Objectifs : Présenter l’organisation du monde vivant et appréhender sa biodiversité
      Contenu:
      Cours : L’objectif de ce module est d’appréhender la diversité du vivant (végétal, animal et microbien) en s’appuyant sur son histoire évolutive. Nous aborderons la systématique phylogénétique, en nous focalisant sur les caractères acquis par les différentes lignées au cours du temps et au gré de leurs adaptations aux différents milieux de vie.
      TD : Les séances de travaux dirigés permettront de renforcer les connaissances sous une forme plus ludique, tels que des jeux de questions réponse, et au travers d’histoires concrètes.
      TP : Les séances de travaux pratiques ont pour objectif de renforcer les connaissances acquises en cours et en TD en manipulant, en observant, en disséquant, en comparant certains organismes des différentes lignées abordées en cours et en utilisant la représentation sous forme de dessins de tout ou parties de ces organismes.
      
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    Module 1.1 : Diversité du monde vivant 1
    UE 62 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 1.2 : Biologie cellulaire, Histologie, Démarche (UE)64 h - 8 Crédits ECTS
      • EP1.2.1 Biologie cellulaire et histologie (Élément Constitutif)32 h - 4 Crédits ECTS
        • EP1.2.1 Biologie cellulaire et histologie CM (Cours Magistral)13 h
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        EP1.2.1 Biologie cellulaire et histologie CM
        Cours Magistral 13 h
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        • EP1.2.1 Biologie cellulaire et histologie TD (Travaux Dirigés)14 h
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        EP1.2.1 Biologie cellulaire et histologie TD
        Travaux Dirigés 14 h
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        • EP1.2.1 Biologie cellulaire et histologie TP (Travaux Pratiques)5 h
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        EP1.2.1 Biologie cellulaire et histologie TP
        Travaux Pratiques 5 h
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      EP1.2.1 Biologie cellulaire et histologie
      Élément Constitutif 32 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs
      L’objectif principal est de permettre aux étudiants de consolider leurs connaissances en Biologie Cellulaire générale afin de développer leur capacité à comprendre les concepts clés. La biologie y est enseignée de manière intégrée, de la cellule aux tissus (chez les animaux et les végétaux), des procaryotes aux eucaryotes en utilisant un ensemble d’outils allant de l’imagerie, à la biochimie et à la biologie moléculaire. Le cytosquelette, les mouvements cellulaires ainsi que la signalisation seront abordés en L2.
      Contenu:
      Cours :
      Biologie Cellulaire : Introduction à la biologie cellulaire, évolution de la cellule. Il sera décrit l’essentiel de la cellule procaryote, eucaryote animale ou végétale. L’ensemble des structures cellulaires et de leurs fonctions sera abordé sur un modèle type de cellule animale (la membrane plasmique, le système endomembranaire, le noyau, l’énergétique cellulaire). Il sera souligné les différences et similarités entre les procaryotes et les eucaryotes, entre cellules animales et végétales.
      Histologie : Introduction à l’histologie : présentation des 4 grands types de tissus, leurs grandes fonctions et leur localisation dans le corps animal.
      
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      • EP1.2.2 Démarche expérimentale et Méthodologie (Élément Constitutif)32 h - 4 Crédits ECTS
        • EP1.2.2 Démarche expérimentale et Méthodologie CM (Cours Magistral)12 h
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        EP1.2.2 Démarche expérimentale et Méthodologie CM
        Cours Magistral 12 h
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        • EP1.2.2 Démarche expérimentale et Méthodologie TD (Travaux Dirigés)20 h
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        EP1.2.2 Démarche expérimentale et Méthodologie TD
        Travaux Dirigés 20 h
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      EP1.2.2 Démarche expérimentale et Méthodologie
      Élément Constitutif 32 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs
      L’objectif de cette EP est de sensibiliser les étudiants l’unité de la biologie même si elle est enseignée pour des raisons pratiques en différentes disciplines. C’est aussi de montrer qu’il faut aussi s’intéresser aux autres disciplines scientifiques ainsi que les mathématiques pour faire avancer la connaissance. Finalement qu’il n’y a pas une méthodologie en biologie mais des méthodologies qui sont fonctions de la discipline.
      Contenu:
      Cours: Pour sensibiliser les étudiants à la diversité des disciplines en biologie, c’est un enseignant spécialiste de la discipline qui donne le cours. Les parties sont en interactions au travers de techniques ou de méthodologie. Ce cours s’appuie sur une présentation historique de l’interaction entre les découvertes majeures, l’évolution de la méthodologie et des techniques. Cette présentation permet de mettre en évidence les interconnexions entre les divers champs de la biologie et leurs apports mutuels. Cet enseignement a également pour objectif de montrer comment le développement des connaissances biologiques est intrinsèquement dépendantes des développements techniques des autres disciplines scientifiques (mathématiques, physique et chimie).
      
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    Module 1.2 : Biologie cellulaire, Histologie, Démarche
    UE 64 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 1.3 : Biophysique, structure chimique de la matière (UE)54 h - 8 Crédits ECTS
      • EP1.3.1 Biophysique (Élément Constitutif)22 h - 4 Crédits ECTS
        • EP1.3.1 Biophysique CM (Cours Magistral)10.5 h
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        EP1.3.1 Biophysique CM
        Cours Magistral 10.5 h
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        • EP1.3.1 Biophysique TD (Travaux Dirigés)11.5 h
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        EP1.3.1 Biophysique TD
        Travaux Dirigés 11.5 h
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      EP1.3.1 Biophysique
      Élément Constitutif 22 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs :
      L’objectif de ce cours est de permettre aux étudiants de comprendre la nécessité d’une approche par la physique pour comprendre un certain nombre de phénomènes naturels liés à l’hydrostatique, l’hydrodynamique, les échanges membranaires (diffusion et osmose).
      Une attention particulière sera portée à la mise en place du raisonnement scientifique nécessaire à la compréhension de ces phénomènes (problème/données/outils/résolution).
      
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      • EP1.3.2 Structure chimique de la matière (Élément Constitutif)32 h - 4 Crédits ECTS
        • EP1.3.2 Structure chimique de la matière CM (Cours Magistral)13 h
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        EP1.3.2 Structure chimique de la matière CM
        Cours Magistral 13 h
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        • EP1.3.2 Structure chimique de la matière TD (Travaux Dirigés)11 h
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        EP1.3.2 Structure chimique de la matière TD
        Travaux Dirigés 11 h
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        • EP1.3.2 Structure chimique de la matière TP (Travaux Pratiques)8 h
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        EP1.3.2 Structure chimique de la matière TP
        Travaux Pratiques 8 h
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      EP1.3.2 Structure chimique de la matière
      Élément Constitutif 32 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs Maîtriser les bases de la structure et de la réactivité chimique de la matière : éléments d’atomistique et configurations électroniques, géométrie des molécules, systèmes physico-chimiques, thermodynamique chimique, chimie en solution, réactions acide-base, calculs de pH, oxydo-réduction. Maîtriser les bonnes pratiques de laboratoire. Savoir proposer un protocole et réaliser des dosages (pH-métrique, redox), savoir déterminer un potentiel d’électrode.
      Contenu:
      Cours : Structure et propriété des atomes, configuration électronique, classification périodique. Liaison chimique, structure de Lewis et géométrie des molécules (modèle VSEPR). Systèmes physico-chimiques (description et grandeurs), thermodynamique chimique (premier et second principe), évolution des systèmes, équilibre chimique. Chimie en solution : réactions et équilibres acido-basiques, calculs de pH, réactions et équilibres d’oxydo-réduction, potentiels électrochimiques.
      TD : Exercices en lien avec le cours et les TP.
      TP : Bonnes pratiques de laboratoire (règles de sécurité, utilisation du matériel, gestion des déchets). Préparation de solutions. Equilibres chimiques (complexation, précipitation). Dosages redox, pH-métrique, préparation et étude de solutions tampons, étude de piles électrochimiques, mesures de potentiel d’électrode.
      
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    Module 1.3 : Biophysique, structure chimique de la matière
    UE 54 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 1.4 : Compétences transversales (UE)54 h - 6 Crédits ECTS
      • EP1.4.1 Anglais (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
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      EP1.4.1 Anglais
      Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
      
      Objectifs :
      L’objectif pédagogique est de rendre l’étudiant toujours plus autonome dans sa maîtrise de l’anglais.
      Il est donc donné à chaque étudiant les moyens de consolider et développer ses capacités dans les 5 compétences langagières telles qu’elles sont décrites dans le Cadre européen Commun de Référence des Langues (CECRL) : compréhension écrite, compréhension orale, expression écrite, expression orale en continu, expression orale en interaction.
      Contenu :
      TD : L’alternance séances de Travaux Dirigés / séances CRL favorise l’encadrement et l’individualisation des apprentissages.
      Les enseignements sont également conçus de façon à fournir les outils nécessaires à la validation de certifications nationales (CLES 2) et internationales (TOEIC par exemple), à l’insertion professionnelle et à la mobilité internationale.
      
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      • EP1.4.2 Outils Mathématiques (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
        • EP1.4.2 Outils Mathématiques CM (Cours Magistral)6 h
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        EP1.4.2 Outils Mathématiques CM
        Cours Magistral 6 h
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        • EP1.4.2 Outils Mathématiques TD (Travaux Dirigés)10 h
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        EP1.4.2 Outils Mathématiques TD
        Travaux Dirigés 10 h
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        • EP1.4.2 Outils Mathématiques TP (Travaux Pratiques)2 h
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        EP1.4.2 Outils Mathématiques TP
        Travaux Pratiques 2 h
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      EP1.4.2 Outils Mathématiques
      Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs : Acquérir et consolider les bases de mathématiques nécessaires à la biologie
      Contenu :
      Cours et TD :
      1/ Calcul : fractions, puissances, simplification, re´solution des e´quations du second degre´, ine´galite´s, valeur absolue, racines n-ie`mes, fractions rationnelles.
      2/ E´quations de droites : e´quation re´duite, pente, ordonne´e a` l’origine. Tableaux de proportionnalite´ (re`gle de trois).
      3/ Fonctions :
      (a) De´finition d’une fonction y=f(x), image, ante´ce´dent, maximum, minimum, sens de variation, lecture graphique, re´solution graphique d’e´quations du type f(x) = a, intersection d’une droite avec l’axe des abscisses.
      (b) De´rivation des fonctions, tableau de variation.
      4/ Matrices : de´finition, addition, multiplication matricielle en particulier par une matrice colonne.
      TP : Introduction au logiciel R, calcul matriciel
      
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      • EP1.4.3 Compétences numériques (Élément Constitutif)14 h - 2 Crédits ECTS
        • EP1.4.3 Compétences numériques TD (Travaux Dirigés)8 h
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        EP1.4.3 Compétences numériques TD
        Travaux Dirigés 8 h
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        • EP1.4.3 Compétences numériques TP (Travaux Pratiques)4 h
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        EP1.4.3 Compétences numériques TP
        Travaux Pratiques 4 h
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      EP1.4.3 Compétences numériques
      Élément Constitutif 14 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs
      L’objectif pédagogique est d’acquérir des connaissances de programmation utiles au biologiste et de mettre en forme des documents texte. Compétences acquises : concevoir des programmes de calcul dans le cadre du tableur. Mettre en forme de longs documents texte dans le cadre du traitement de texte.
      Contenu:
      TD-TP : Adressages, fonctions logiques, fonctions statistiques. Réalisation de graphiques.
      Mise en forme de documents textes.
      
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      • EP1.4.4 Outils Documentaire6 h
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      EP1.4.4 Outils Documentaire
      6 h
      Objectif
      Ce module a pour objectif de donner aux étudiants les clés nécessaires pour une recherche documentaire efficace, pertinente et de niveau universitaire.
      
      Contenu
      Les TD auront lieu en présentiel et en distanciel
      Découverte des locaux, des services et de l’offre documentaire de la bibliothèque universitaire de Grandmont.
      Cours en ligne sur le plagiat. Cours en ligne sur la recherche d’information sur internet.
      Sur quitus de présence
      
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    Module 1.4 : Compétences transversales
    UE 54 h - 6 Crédits ECTS
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  • Semestre 2 SL1SCV
    • Module 2.1 : Biochimie-Génétique (UE)64 h - 8 Crédits ECTS
      • EP2.1.1 Biochimie Structurale (Élément Constitutif)32 h - 4 Crédits ECTS
        • EP2.1.1 Biochimie Structurale CM (Cours Magistral)16 h
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        EP2.1.1 Biochimie Structurale CM
        Cours Magistral 16 h
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        • EP2.1.1 Biochimie Structurale TD (Travaux Dirigés)8 h
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        EP2.1.1 Biochimie Structurale TD
        Travaux Dirigés 8 h
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        • EP2.1.1 Biochimie Structurale TP (Travaux Pratiques)8 h
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        EP2.1.1 Biochimie Structurale TP
        Travaux Pratiques 8 h
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      EP2.1.1 Biochimie Structurale
      Élément Constitutif 32 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs Acquisition des connaissances de base en biochimie.
      Contenu:
      Cours : Structure et propriété de l’eau - Solutions et tampons - Structure et propriétés des oses simples, des polysaccharides, des protéoglycannes et des glycoprotéines. - Structure et propriétés des acides aminés, peptides et protéines - Structure des lipides - Constituants des acides nucléiques - Structure des nucléotides - Double hélice des acides nucléiques, réplication de l’ADN.
      TD : Au travers des TD, des exercices d’application du cours magistral seront abordés (acides nucléiques, oses, acides aminés et protéines).
      TP : Analyse spectrale de protéines, dosage glucidique dans des boissons sucrées.
      
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      • EP2.1.2 Génétique Mendélienne et moléculaire 1 (Élément Constitutif)32 h - 4 Crédits ECTS
        • EP2.1.2 Génétique Mendélienne et moléculaire 1 CM (Cours Magistral)18 h
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        EP2.1.2 Génétique Mendélienne et moléculaire 1 CM
        Cours Magistral 18 h
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        • EP2.1.2 Génétique Mendélienne et moléculaire 1 TD (Travaux Dirigés)148 h
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        EP2.1.2 Génétique Mendélienne et moléculaire 1 TD
        Travaux Dirigés 148 h
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      EP2.1.2 Génétique Mendélienne et moléculaire 1
      Élément Constitutif 32 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs
      Révision des notions de base en génétique. Mise en place d’un socle de connaissances solide pour comprendre le fonctionnement moléculaire de la cellule. Cette UE vient en complément de la biologie cellulaire et se poursuit en L2.
      Contenu:
      Cours : Etude de la structure de l’ADN et des gènes, suivi de l’étude de la transcription et de la traduction chez les procaryotes et les eucaryotes. Effets des mutations de l’ADN sur la protéine et sur le fonctionnement cellulaire. Analyse de la transmission des allèles sauvage et mutant au cours des générations avec déterminisme génétique et cartographie de 2 gènes.
      TD : exercices d’application sur les notions vues en CM
      
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    Module 2.1 : Biochimie-Génétique
    UE 64 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 2.2 : Diversité du monde vivant 2, Ecologie Ethologie (UE)62 h - 8 Crédits ECTS
      • EP2.2.1 Diversité du monde vivant (Élément Constitutif)24 h - 4 Crédits ECTS
        • EP2.2.1 Diversité du monde vivant CM (Cours Magistral)20 h
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        EP2.2.1 Diversité du monde vivant CM
        Cours Magistral 20 h
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        • EP2.2.1 Diversité du monde vivant TP (Travaux Pratiques)4 h
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        EP2.2.1 Diversité du monde vivant TP
        Travaux Pratiques 4 h
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      EP2.2.1 Diversité du monde vivant
      Élément Constitutif 24 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs
      1. Comprendre la classification phylogénétique des grandes lignées de deutérostomiens et des champignons
      2. Analyser la diversité des animaux deutérostomiens : systématique, évolution, distribution, écologie.
      3. Obtenir l’information nécessaire en consultant la bibliographie et des ressources en ligne de façon critique.
      Contenu:
      Cours :
      Le cours se déroule en deux volets : Zoologie et Botanique.
      Les différents embranchements des groupes étudiés seront présentés. Une attention spéciale sera dédiée aux caractères dérivés propres, notamment anatomiques et physiologiques. Ces aspects permettent l’identification de chaque groupe biologique et leurs liens phylogénétiques. Des aspects évolutifs, écologiques et comportementales sont également présentés pour chaque groupe biologique étudié.
      Une partie du cours concerne une présentation de la diversité du monde fongique avec un point plus particulier sur les ascomycètes et basidiomycètes.
      
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      • EP2.2.2a Ecologie (Élément Constitutif)24 h - 2 Crédits ECTS
        • EP2.2.2a Ecologie CM (Cours Magistral)8 h
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        EP2.2.2a Ecologie CM
        Cours Magistral 8 h
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        • EP2.2.2a Ecologie TD (Travaux Dirigés)6 h
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        EP2.2.2a Ecologie TD
        Travaux Dirigés 6 h
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        • EP2.2.2a Ecologie TP (Travaux Pratiques)10 h
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        EP2.2.2a Ecologie TP
        Travaux Pratiques 10 h
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      EP2.2.2a Ecologie
      Élément Constitutif 24 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs : Appréhender de manière globale les relations entre les organismes et entre les organismes et leur milieu.
      Contenu:
      Cours : Les enseignements dispensés dans cette EP permettent une première approche des grands thèmes de l’écologie autour de la structure et du fonctionnement des écosystèmes. Nous parlerons d’écologie fonctionnelle, de la circulation de l’énergie et de la matière dans la biosphère, des grands cycles biogéochimiques ainsi que des grandes biocénoses et des relations trophiques qui relient les organismes entre eux.
      TP : Au cours de ces séances, nous aurons une sortie au cours de laquelle nous réaliserons la cartographie de la végétation d’une parcelle de forêt, ainsi qu’un inventaire de la faune présente et, ce, dans le but de mieux comprendre les relations qui unissent les organismes entre eux dans ce milieu. Les étudiants réaliseront un rapport de TP sur l’écologie de la parcelle étudiée.
      
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      • EP2.2.2b Ethologie (Élément Constitutif)14 h - 2 Crédits ECTS
        • EP2.2.2b Ethologie CM (Cours Magistral)8 h
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        EP2.2.2b Ethologie CM
        Cours Magistral 8 h
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        • EP2.2.2b Ethologie TD (Travaux Dirigés)6 h
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        EP2.2.2b Ethologie TD
        Travaux Dirigés 6 h
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      EP2.2.2b Ethologie
      Élément Constitutif 14 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs:
      Découvrir les champs disciplinaires de l'éthologie et des neurosciences comportementales à travers l'étude des émotions et, en particulier d'une émotion fondamentale et universelle : la peur.
      Découvrir quelques recherches expérimentales de neurobiologie de la peur et de l'anxiété chez l'animal et chez l'homme.
      
      Contenu :
      Cours
      Chapitre 1 : Rôles adaptatifs des émotions
      Chapitre 2 : La peur et l'anxiété
      Chapitre 3 : Neurobiologie de la peur et de l'anxiété
      
      TD : Mesure du comportement animal et Modélisation animale de pathologies – Les formes de conditionnement chez l’animal – Cognition chez les primates non humains
      
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    Module 2.2 : Diversité du monde vivant 2, Ecologie Ethologie
    UE 62 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 2.3 : Biophysique, Chimie ou Géosciences (UE)8 Crédits ECTS
      • Choix EP2 M2.3 S2 SL1SCV4 Crédits ECTS
        • EP2.3.2a Biophysique (Élément Constitutif)34 h - 4 Crédits ECTS
          • EP2.3.2a Biophysique CM (Cours Magistral)10.5 h
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          EP2.3.2a Biophysique CM
          Cours Magistral 10.5 h
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          • EP2.3.2a Biophysique TD (Travaux Dirigés)11 h
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          EP2.3.2a Biophysique TD
          Travaux Dirigés 11 h
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          • EP2.3.2a Biophysique TP (Travaux Pratiques)12.5 h
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          EP2.3.2a Biophysique TP
          Travaux Pratiques 12.5 h
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        EP2.3.2a Biophysique
        Élément Constitutif 34 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs :
        L’objectif de ce cours est de permettre aux étudiants de comprendre la nécessité d’une approche par la physique pour comprendre un certain nombre de phénomènes naturels liés à la propagation d’une onde mécanique, à la propagation d’une onde lumineuse et la propagation de charges électriques.
        Une attention particulière sera portée à la mise en place du raisonnement scientifique nécessaire à la compréhension de ces phénomènes (problème/données/outils/résolution).
        Pour ce faire, quatre thèmes seront abordés :
        1. Compréhension et conception du schéma d’un circuit électrique basique. Étude du transport de courant électrique dans un circuit électrique comprenant différents dipôles (passifs/actifs comme un générateur parfait de tension, une pile et/ou des résistances). Méthode de mesure d’un courant et d’une tension électrique. Puissance électrique et bilan énergétique (loi d’Ohm et chargement d’une batterie électrique).
        2. Étude de la propagation des ondes lumineuses ou mécaniques afin de comprendre : la propagation d’une onde, les propriétés d’une Onde Plane Progressive (OPP), les phénomènes de propagation d’une onde lumineuse (longueur d’onde, vitesse de propagation, changement de milieu, retard/avance dans l’espace et le temps), les phénomènes de superposition de deux ondes (onde stationnaire dans les instruments de musiques à cordes, fréquences propres), l’évaluation de phénomènes acoustiques (puissance, intensité sonore, niveau sonore, …).
        3. Étude de l’optique linéaire afin de comprendre : la notion de stigmatisme, la détermination des images (position, taille, …) par calcul ou par construction géométrique, le fonctionnement de l’œil humain ainsi que la correction des principaux défauts de la vision (myopie, hypermétropie et presbytie) et de maîtriser la compréhension du fonctionnement d’un microscope optique et son utilisation.
        
        
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        • EP2.3.2b Processus de surface et évolution de la biosphère (Élément Constitutif)34 h - 4 Crédits ECTS
          • EP2.3.2b Processus de surface & évolution de la biosphère CM (Cours Magistral)12 h
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          EP2.3.2b Processus de surface & évolution de la biosphère CM
          Cours Magistral 12 h
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          • EP2.3.2b Processus de surface & évolution de la biosphère TD (Travaux Dirigés)12 h
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          EP2.3.2b Processus de surface & évolution de la biosphère TD
          Travaux Dirigés 12 h
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          • EP2.3.2b Processus de surface & évolution de la biosphère TP (Travaux Pratiques)10 h
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          EP2.3.2b Processus de surface & évolution de la biosphère TP
          Travaux Pratiques 10 h
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        EP2.3.2b Processus de surface et évolution de la biosphère
        Élément Constitutif 34 h - 4 Crédits ECTS
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      Choix EP2 M2.3 S2 SL1SCV
      - 4 Crédits ECTS
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      • EP2.3.1 Chimie organique (Élément Constitutif)33 h - 4 Crédits ECTS
        • EP2.3.1 Chimie organique CM (Cours Magistral)13.5 h
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        EP2.3.1 Chimie organique CM
        Cours Magistral 13.5 h
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        • EP2.3.1 Chimie organique TD (Travaux Dirigés)18 h
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        EP2.3.1 Chimie organique TD
        Travaux Dirigés 18 h
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        • EP2.3.1 Chimie organique TP (Travaux Pratiques)1.5 h
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        EP2.3.1 Chimie organique TP
        Travaux Pratiques 1.5 h
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      EP2.3.1 Chimie organique
      Élément Constitutif 33 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs
      Acquérir les notions de bases en chimie organique, adaptées et nécessaires pour la compréhension des phénomènes biologiques, à la fois à l’échelle micro et macroscopique et utilisation de la chimie organique notamment pour la compréhension de la biologie moléculaire et de la biochimie.
      Contenu:
      Rappels : Hybridation du carbone et géométrie des molécules organiques, nomenclature des grandes fonctions chimiques et biochimiques, oxydo-réduction, écriture des molécules en formule topologique, et en représentation de Cram, Fischer et Newman, isomérie et stéréoisomérie, éléments de base des effets électroniques et leurs implications dans les structures des molécules du vivant.
      Chapitre 1 Nomenclature :
      Chapitre 2 Isomérie :
      Chapitre 3 Effets électroniques et structures des protéines
      Chapitre 4 Acides aminés Peptides et Protéines
      Chapitre 5 Réactions chimiques
      Chapitre 6 Réactions chimiques dans le monde du vivant
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    Module 2.3 : Biophysique, Chimie ou Géosciences
    UE - 8 Crédits ECTS
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    • Module 2.4 : Compétences transversales (UE)58 h - 6 Crédits ECTS
      • EP2.4.1 Anglais (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
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      EP2.4.1 Anglais
      Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs :
      L’objectif pédagogique est de rendre l’étudiant toujours plus autonome dans sa maîtrise de l’anglais.
      Il est donc donné à chaque étudiant les moyens de consolider et développer ses capacités dans les 5 compétences langagières telles qu’elles sont décrites dans le Cadre européen Commun de Référence des Langues (CECRL) : compréhension écrite, compréhension orale, expression écrite, expression orale en continu, expression orale en interaction.
      Contenu :
      TD : L’alternance séances de Travaux Dirigés / séances CRL favorise l’encadrement et l’individualisation des apprentissages.
      Les enseignements sont également conçus de façon à fournir les outils nécessaires à la validation de certifications nationales (CLES 2) et internationales (TOEIC par exemple), à l’insertion professionnelle et à la mobilité internationale
      
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      • EP2.4.2 Outils Mathématiques (Élément Constitutif)10 h - 2 Crédits ECTS
        • EP2.4.2 Outils Mathématiques CM (Cours Magistral)4 h
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        EP2.4.2 Outils Mathématiques CM
        Cours Magistral 4 h
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        • EP2.4.2 Outils Mathématiques TD (Travaux Dirigés)6 h
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        EP2.4.2 Outils Mathématiques TD
        Travaux Dirigés 6 h
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      EP2.4.2 Outils Mathématiques
      Élément Constitutif 10 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs : d’acquérir et à consolider les bases de mathématiques nécessaires à la biologie
      Contenu:
      Cours et TD :
      1/ De´rive´es successives. E´tude de fonctions avec les points d’inflexion.
      2/ Fonctions logarithmes (ne´pe´rien, logarithme en bases 2 et 10) et fonctions exponentielles (e´criture en puissances de 10) avec les e´quations fonctionnelles. Ordre de grandeur. Re´solution d’ine´quations du type q^n ? a.
      3/ Suites arithme´tiques et ge´ome´triques
      
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      • EP2.4.3 Informatique (Élément Constitutif)12 h - 1 Crédits ECTS
        • EP2.4.3 Informatique TD (Travaux Dirigés)8 h
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        EP2.4.3 Informatique TD
        Travaux Dirigés 8 h
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        • EP2.4.3 Informatique TP (Travaux Pratiques)4 h
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        EP2.4.3 Informatique TP
        Travaux Pratiques 4 h
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      EP2.4.3 Informatique
      Élément Constitutif 12 h - 1 Crédits ECTS
      Objectifs
      L’objectif pédagogique est d’acquérir des connaissances de programmation utiles au biologiste. Compétences acquises : Concevoir des programmes de calcul dans le cadre du tableur.
      Contenu:
      TD-TP : Fonctions de texte, tris et filtres, fonctions de recherche, fonctions de dates et d’heures.
      
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      • EP2.4.4 Démarche expérimentale et méthodologie (Élément Constitutif)10 h - 1 Crédits ECTS
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      EP2.4.4 Démarche expérimentale et méthodologie
      Élément Constitutif 10 h - 1 Crédits ECTS
      Objectifs
      Acquisition de la méthodologie d’analyse de résultats expérimentaux obtenus par certaines des techniques vues au premier semestre.
      Contenu:
      TD: 4 séances seront destinées à l’analyse de jeux de données. La première portera sur des problèmes de dilution de solution et de culture, de différence entre ce que l’on mesure et ce que l’on veut déterminer comme concentration, l’analyse dimensionnelle etc. La seconde portera sur l’analyse graphique de résultats expérimentaux (courbe de calibration ou courbe exponentielle de culture), l’utilisation d’échelles linéaire et semi-logarithmique. Dans ces 2 premières séances seront abordés les notions de données expérimentales, de comment exclure ou pas un point, comment faire une droite pour relier les points expérimentaux, la signification de l’intersection de cette droite avec les axes et le coefficient directeur. La séance 3 sera consacré à l’analyse de d’acide nucléique et de protéines sur gel avec détermination de poids moléculaire de protéines ou de fragments d’ADN. La séance 4 portera sur l’analyse d’images de microscopie où seront abordées les notions d’échelle, de marqueurs cellulaires, de contrôles et de représentativités. Ces 4 séances seront suivies d'un examen final endéans le qui suit la séance 4. La séance 5 qui aura lieu dans le mois qui suit l'examen sera consacrée à sa correction.
      
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      • EP2.4.5 Mobil4 h
        • EP2.4.5 Mobil CM (Cours Magistral)2 h
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        EP2.4.5 Mobil CM
        Cours Magistral 2 h
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        • EP2.4.5 Mobil TD (Travaux Dirigés)2 h
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        EP2.4.5 Mobil TD
        Travaux Dirigés 2 h
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      EP2.4.5 Mobil
      4 h
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    Module 2.4 : Compétences transversales
    UE 58 h - 6 Crédits ECTS
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  • Semestre 3 SL2SVN
    • Module 3.1 : Physiologie animale & biologie cellulaire (UE)72 h - 8 Crédits ECTS
      • EP3.1.1 Physiologie animale (Élément Constitutif)44 h - 5 Crédits ECTS
        • EP3.1.1 Physiologie animale CM (Cours Magistral)24 h
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        EP3.1.1 Physiologie animale CM
        Cours Magistral 24 h
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        • EP3.1.1 Physiologie animale TD (Travaux Dirigés)16 h
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        EP3.1.1 Physiologie animale TD
        Travaux Dirigés 16 h
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        • EP3.1.1 Physiologie animale TP (Travaux Pratiques)4 h
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        EP3.1.1 Physiologie animale TP
        Travaux Pratiques 4 h
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      EP3.1.1 Physiologie animale
      Élément Constitutif 44 h - 5 Crédits ECTS
      Objectifs
      L'objectif est d'apporter les connaissances de base théoriques et expérimentales de la neurophysiologie et de l'endocrinologie. Les exemples porteront sur les mammifères et notamment sur la physiologie humaine.
      Contenu:
      Cours : Neurophysiologie : Potentiel de membrane et potentiel d’action ; Synapses et jonction neuro-musculaire ; Physiologie musculaire.
      Système endocrinien : Notion d'hormone et de récepteurs hormonaux, production, distribution, mode de sécrétion et d'action. Contrôle hormonal. Rôle des diverses glandes endocriniennes.
      TD: Apprentissage de la méthodologie en physiologie. Analyse de données électrophysiologiques.
      TP : Réalisation d’expériences en physiologie nerveuse via le logiciel Neurosim
      
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      • EP3.1.2 Biologie cellulaire et signalisation (Élément Constitutif)28 h - 3 Crédits ECTS
        • EP3.1.2 Biologie cellulaire et signalisation CM (Cours Magistral)16 h
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        EP3.1.2 Biologie cellulaire et signalisation CM
        Cours Magistral 16 h
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        • EP3.1.2 Biologie cellulaire et signalisation TD (Travaux Dirigés)12 h
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        EP3.1.2 Biologie cellulaire et signalisation TD
        Travaux Dirigés 12 h
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      EP3.1.2 Biologie cellulaire et signalisation
      Élément Constitutif 28 h - 3 Crédits ECTS
      Objectifs
      Cet enseignement permet d’approfondir l’enseignement reçu en L1. La compréhension et la maîtrise du cours seront essentielles pour aborder l’étude de mécanismes physiologiques plus complexes. L’objectif est de comprendre la place de la cellule animale dans son environnement et la manière dont elle peut réagir par les modifications de son cytosquelette. Ces notions seront abordées et intégrées dans l’enseignement en prenant comme exemple des processus plus complexes qui pourront être l’inflammation, la coagulation, la réparation tissulaire, les nanotechnologies, les métastases…. Les mécanismes moléculaires mis en jeu dans la perception et la transmission intracellulaire du signal seront appréhendés et illustrés au travers de réponses physiologiques de la cellule animale et végétale. Ce qui permettra aux étudiants d’aborder les bases fondamentales de la signalisation cellulaire.
      
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    Module 3.1 : Physiologie animale & biologie cellulaire
    UE 72 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 3.2 : Physiologie végétale, dév. animal & végétal (UE)66 h - 8 Crédits ECTS
      • EP3.2.1 Physiologie végétale (Élément Constitutif)42 h - 4 Crédits ECTS
        • EP3.2.1 Physiologie végétale CM (Cours Magistral)22.5 h
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        EP3.2.1 Physiologie végétale CM
        Cours Magistral 22.5 h
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        • EP3.2.1 Physiologie végétale TD (Travaux Dirigés)7.5 h
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        EP3.2.1 Physiologie végétale TD
        Travaux Dirigés 7.5 h
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        • EP3.2.1 Physiologie végétale TP (Travaux Pratiques)12 h
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        EP3.2.1 Physiologie végétale TP
        Travaux Pratiques 12 h
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      EP3.2.1 Physiologie végétale
      Élément Constitutif 42 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs : Connaître et comprendre comment les végétaux font l’acquisition 1) d’énergie lumineuse et la transforme en énergie chimique, de minéraux pour la synthèse des constituants organiques, 2) d’eau pour la croissance et le transport des sèves. Les compétences disciplinaires acquises sont les suivantes : Méthodologiques : Analyse des échanges gazeux dans la photosynthèse. Analyse des échanges d’eau dans le continuum sol-plante-atmosphère. - Analyse et interprétations de résultats expérimentaux. Techniques : Techniques d’étude expérimentale des fonctions photosynthétiques, des échanges plante-eau, de l’assimilation de nitrate
      Contenu:
      Cours : Nutrition organique des végétaux : la photosynthèse, autotrophie carbonée, autotrophie azotée, autotrophie soufrée - Alimentation en eau et nutrition minérale des végétaux : Le sol, l’eau et la plante – Absorption et circulation de l’eau et des sels minéraux dans la plante –
      TD : Application des connaissances acquises sur la photosynthèse, l’autotrophie carbonée, l’alimentation en eau et la nutrition minérale des végétaux pour la résolution d’exercices pratiques. Exemples d’application de ces connaissances à l’étude des fonctions de végétaux d’intérêt.
      TP : Mise en évidence des pigments photosynthétiques - Analyse des échanges plante-eau. Fonctions de la nitrate réductase.
      
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      • EP3.2.2 Introduction au développement végétal (Élément Constitutif)12 h - 2 Crédits ECTS
        • EP3.2.2 Introduction au développement végétal CM (Cours Magistral)10 h
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        EP3.2.2 Introduction au développement végétal CM
        Cours Magistral 10 h
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        • EP3.2.2 Introduction au développement végétal TD (Travaux Dirigés)2 h
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        EP3.2.2 Introduction au développement végétal TD
        Travaux Dirigés 2 h
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      EP3.2.2 Introduction au développement végétal
      Élément Constitutif 12 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs : Connaître et comprendre comment la croissance cellulaire, les régulateurs de morphogenèse, les facteurs de l’environnement participent au développement des végétaux.
      Contenu:
      Cours : Biologie du développement et de la morphogenèse : Rôles des facteurs de l’environnement (tropismes, tactismes, nutrition) et des régulateurs de morphogenèse dans le développement végétal –
      TD : Application des connaissances acquises à l’étude du développement et de la morphogénèse des végétaux d’intérêt.
      
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      • EP3.2.3 Introduction au développement animal (Élément Constitutif)12 h - 2 Crédits ECTS
        • EP3.2.3 Introduction au développement animal CM (Cours Magistral)6 h
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        EP3.2.3 Introduction au développement animal CM
        Cours Magistral 6 h
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        • EP3.2.3 Introduction au développement animal TD (Travaux Dirigés)6 h
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        EP3.2.3 Introduction au développement animal TD
        Travaux Dirigés 6 h
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      EP3.2.3 Introduction au développement animal
      Élément Constitutif 12 h - 2 Crédits ECTS
      Objectif : Acquisition des notions de base de la biologie du développement animal.
      Contenu :
      Cours : Description des grandes étapes de l’embryogenèse chez le modèle amphibien, ainsi que des mécanismes fondamentaux de contrôle du développement embryonnaire (induction, régulations…).
      TD : Remobilisation des concepts vus en cours. Analyse de documents scientifiques simples permettant de faire le lien entre les notions de biologie du développement et les thématiques de santé et d’évolution.
      
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    Module 3.2 : Physiologie végétale, dév. animal & végétal
    UE 66 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 3.3 : Génétique, microbiologie ou géosciences (UE)8 Crédits ECTS
      • Choix EP2 M3.3 S3 SL2SCV4 Crédits ECTS
        • EP3.3.2a Microbiologie générale (Élément Constitutif)34 h - 4 Crédits ECTS
          • EP3.3.2a Microbiologie générale CM (Cours Magistral)20 h
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          EP3.3.2a Microbiologie générale CM
          Cours Magistral 20 h
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          • EP3.3.2a Microbiologie générale TD (Travaux Dirigés)8 h
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          EP3.3.2a Microbiologie générale TD
          Travaux Dirigés 8 h
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          • EP3.3.2a Microbiologie générale TP (Travaux Pratiques)6 h
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          EP3.3.2a Microbiologie générale TP
          Travaux Pratiques 6 h
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        EP3.3.2a Microbiologie générale
        Élément Constitutif 34 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs : S’initier à la Bactériologie et à la Virologie.
        Contenu:
        Connaissance de la structure d’une bactérie et des principaux groupes de virus, des bases de leur classification et de leurs modes de multiplication. Compréhension de leurs interactions avec le monde vivant, de leurs rôles dans des infections, des moyens de les étudier, de les conserver et de les éliminer. Capacité à travailler stérilement et à cultiver des bactéries en milieu liquide et en milieu gélosé. Aptitude à reconnaître et à différencier les bactéries par divers examens microscopiques et l’observation macroscopique des cultures.
        Cours :
        CM Bactériologie : Rappel de la diversité des unicellulaires en référence au cours de L1 Diversité du vivant - Structure de la cellule procaryote : éléments constants et inconstants - Principes d’identification et de classification des bactéries - Nutrition et croissance bactérienne ; milieux de culture - Notions de virulence et de pathogénicité - Moyens de conservation et d’élimination.
        CM Virologie : Définition d'un virus, structures, cycles de réplication et classification. Réponse de l'hôte face à l'infection. Techniques de base en virologie.
        CM Parasitologie : Présentation de parasites et de leurs cycles.
        TD : Applications du cours sous forme d’exercices.
        TP : Transvasement stérile, ensemencement, état frais et Gram, observation.
        
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        • EP3.3.2b Géosciences (Élément Constitutif)4 Crédits ECTS
          • EP3.2.2 Risques naturels 1 (Élément Constitutif)15 h - 2 Crédits ECTS
            • EP3.2.2 Risques naturels 1 CM (Cours Magistral)9 h
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            EP3.2.2 Risques naturels 1 CM
            Cours Magistral 9 h
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            • EP3.2.2 Risques naturels 1 TD (Travaux Dirigés)6 h
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            EP3.2.2 Risques naturels 1 TD
            Travaux Dirigés 6 h
            En savoir plus
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          EP3.2.2 Risques naturels 1
          Élément Constitutif 15 h - 2 Crédits ECTS
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          • EP3.3.2b1 Géosciences : Sols : Interface fragile (Élément Constitutif)14 h - 2 Crédits ECTS
            • EP3.2.1 Sols : interface fragile CM (Cours Magistral)10 h
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            EP3.2.1 Sols : interface fragile CM
            Cours Magistral 10 h
            En savoir plus
            • EP3.2.1 Sols : interface fragile TD (Travaux Dirigés)4 h
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            EP3.2.1 Sols : interface fragile TD
            Travaux Dirigés 4 h
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          EP3.3.2b1 Géosciences : Sols : Interface fragile
          Élément Constitutif 14 h - 2 Crédits ECTS
          Objectifs : Acquérir des connaissances de base sur les sols, qui constituent un compartiment clé de l’écosystème à l’interface entre l’atmosphère, l’hydrosphère, la lithosphère et la biosphère.
          
          Compétences visées:
          - Connaissances de base sur les sols et leur interaction avec l’écosystème.
          - Compréhension des liens entre constituants et propriétés des sols.
          - Savoir positionner, réaliser et décrire des sondages de sol sur le terrain et interpréter leur formation, leurs propriétés et leurs atouts et limites du point de vue de la production agricole et des risques environnementaux.
          - Capacité à interpréter des analyses physico-chimiques de sols.
          - Capacité à lire et interpréter une carte de sols
          
          Contenu synthétique:
          
          CM
          - Importance des sols dans l’écosystème
          - Problématiques environnementales
          - Principaux constituants minéraux et organiques
          - Modalités de formation et propriétés physico-chimiques.
          
          TD et TP en salle : Familiarisation avec les analyses physico-chimiques des sols et lecture de cartes de sols.
          
          TP sur le terrain : Une demi-journée permet d’observer les sols in-situ, de les décrire et de les resituer dans leur environnement.
          
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        EP3.3.2b Géosciences
        Élément Constitutif - 4 Crédits ECTS
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      Choix EP2 M3.3 S3 SL2SCV
      - 4 Crédits ECTS
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      • EP3.3.1 Génétique mendélienne et moléculaire 2 (Élément Constitutif)34 h - 4 Crédits ECTS
        • EP3.3.1 Génétique mendélienne et moléculaire 2 CM (Cours Magistral)18 h
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        EP3.3.1 Génétique mendélienne et moléculaire 2 CM
        Cours Magistral 18 h
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        • EP3.3.1 Génétique mendélienne et moléculaire 2 TD (Travaux Dirigés)16 h
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        EP3.3.1 Génétique mendélienne et moléculaire 2 TD
        Travaux Dirigés 16 h
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      EP3.3.1 Génétique mendélienne et moléculaire 2
      Élément Constitutif 34 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs
      Consolidation et approfondissement des notions développées en L1. L’étudiant acquerra la compréhension fine des mécanismes moléculaires liés à la molécule ADN.
      Contenu:
      Cours : Compréhension des mécanismes de régulations des grandes voies vues en L1 :
      Régulation de la transcription, de la traduction, et du cycle cellulaire. Étude des mécanismes de réparation des lésions de l’ADN. Etude des régulations géniques par les petits ARNs. Cartographie des gènes chez les procaryotes.
      TD : exercices d’application sur les notions vues en CM
      
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    Module 3.3 : Génétique, microbiologie ou géosciences
    UE - 8 Crédits ECTS
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    • Module 3.4 : Compétences transversales (UE)50 h - 6 Crédits ECTS
      • EP3.4.1 Anglais (Élément Constitutif)28 h - 2 Crédits ECTS
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      EP3.4.1 Anglais
      Élément Constitutif 28 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs :
      L’objectif pédagogique est de rendre l’étudiant toujours plus autonome dans sa maîtrise de l’anglais.
      Il est donc donné à chaque étudiant les moyens de consolider et développer ses capacités dans les 5 compétences langagières telles qu’elles sont décrites dans le Cadre européen Commun de Référence des Langues (CECRL) : compréhension écrite, compréhension orale, expression écrite, expression orale en continu, expression orale en interaction.
      Contenu :
      TD : L’alternance séances de Travaux Dirigés / séances CRL favorise l’encadrement et l’individualisation des apprentissages.
      Les enseignements sont également conçus de façon à fournir les outils nécessaires à la validation de certifications nationales (CLES 2) et internationales (TOEIC par exemple), à l’insertion professionnelle et à la mobilité internationale.
      
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      • EP3.4.2 Sensibilisation aux formations professionelles (Élément Constitutif)14 h - 2 Crédits ECTS
        • EP3.4.2 Sensibilisation aux formations professionelles CM (Cours Magistral)12 h
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        EP3.4.2 Sensibilisation aux formations professionelles CM
        Cours Magistral 12 h
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        • EP3.4.2 Sensibilisation aux formations professionelles TD (Travaux Dirigés)2 h
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        EP3.4.2 Sensibilisation aux formations professionelles TD
        Travaux Dirigés 2 h
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      EP3.4.2 Sensibilisation aux formations professionelles
      Élément Constitutif 14 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs
      Préparation du projet professionnel post 2eme année - Sensibilisation les étudiants de 2eme année aux formations professionnelles par la présentation de différentes problématiques et leur intégration dans une formation professionnelle.
      Contenu:
      Cours et TD : Présentation des finalités des formations professionnelles et des compétences requises.
      
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      • EP3.4.3 Transition écologique et sociétale (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
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      EP3.4.3 Transition écologique et sociétale
      Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
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      • EP3.4.4 Mobil4 h
        • EP3.4.4 Mobil CM (Cours Magistral)2 h
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        EP3.4.4 Mobil CM
        Cours Magistral 2 h
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        • EP3.4.4 Mobil TD (Travaux Dirigés)2 h
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        EP3.4.4 Mobil TD
        Travaux Dirigés 2 h
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      EP3.4.4 Mobil
      4 h
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    Module 3.4 : Compétences transversales
    UE 50 h - 6 Crédits ECTS
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  • Semestre 4 SL2SVN
    • Module 4.1 : Métabolisme et biologie moléculaire 2 (UE)66 h - 8 Crédits ECTS
      • EP4.1.1 Métabolismes et enzymologie (Élément Constitutif)40 h - 5 Crédits ECTS
        • EP4.1.1 Métabolismes et enzymologie CM (Cours Magistral)24 h
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        EP4.1.1 Métabolismes et enzymologie CM
        Cours Magistral 24 h
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        • EP4.1.1 Métabolismes et enzymologie TD (Travaux Dirigés)8 h
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        EP4.1.1 Métabolismes et enzymologie TD
        Travaux Dirigés 8 h
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        • EP4.1.1 Métabolismes et enzymologie TP (Travaux Pratiques)8 h
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        EP4.1.1 Métabolismes et enzymologie TP
        Travaux Pratiques 8 h
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      EP4.1.1 Métabolismes et enzymologie
      Élément Constitutif 40 h - 5 Crédits ECTS
      Objectifs : Appréhender les grandes voies métaboliques et leurs relations avec quelques grandes fonctions physiologiques.
      Comprendre les notions fondamentales de la cinétique enzymatique, notamment de la cinétique michaélienne, et de sa régulation par des inhibiteurs.
      Contenu:
      Cours :
      Biochimie métabolique : Métabolisme des glucides, des lipides, des protéines: (glycolyse, voie des pentoses phosphates, néoglucogenèse, synthèse et dégradation des osides, biosynthèse et ß-oxydation des acides gras, cycle de Krebs... Métabolisme énergétique : présentation des divers types de métabolisme énergétique (phototrophie, chimiotrophie : respirations et fermentations), la respiration aérobie organotrophe dans la cellule eucaryote (la chaîne respiratoire mitochondriale, l’ATP-synthase, les phosphorylations oxydatives), la fermentation lactique, la fermentation alcoolique.
      Enzymologie : Structure et propriétés des enzymes : Notion de catalyseur biologique - Le site actif (de la structure Iaire à la structure IIIaire des enzymes), notion de spécificité – Cofacteurs - Classification et nomenclature. Cinétique enzymatique : réaction élémentaire et ordre de réaction - Cinétique Michaélienne et détermination des paramètres cinétiques - Régulation de l’activité enzymatique : facteurs du milieu, inhibiteurs
      TD : Cinétique Michaélienne (calcul des constantes) et exercices d’application du cours illustrant la relation métabolisme cellulaire et physiologie.
      TP : Etude de la cinétique Michaélienne : détermination des paramètres cinétique de la phosphatase acide vis-à-vis d’un substrat - Utilisation de la spectrophotométrie en biochimie : détermination du coefficient d’extinction molaire, dosage du glucose par la glucose oxydase. Chromatographie en couches minces de glucides
      
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      • EP4.1.2 Biologie moléculaire (Élément Constitutif)26 h - 3 Crédits ECTS
        • EP4.1.2 Biologie moléculaire CM (Cours Magistral)10 h
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        EP4.1.2 Biologie moléculaire CM
        Cours Magistral 10 h
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        • EP4.1.2 Biologie moléculaire TD (Travaux Dirigés)12 h
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        EP4.1.2 Biologie moléculaire TD
        Travaux Dirigés 12 h
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        • EP4.1.2 Biologie moléculaire TP (Travaux Pratiques)4 h
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        EP4.1.2 Biologie moléculaire TP
        Travaux Pratiques 4 h
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      EP4.1.2 Biologie moléculaire
      Élément Constitutif 26 h - 3 Crédits ECTS
      Objectifs :
      Introduire des stratégies fondamentales pour l’analyse et la manipulation de l’ADN et son utilisation comme ADN recombinant (clonage).
      Montrer la liaison entre les découvertes en génétique et leurs applications en pratique, et comprendre les principes du travail pratique sur l'ADN.
      Contenu:
      Cours : Les acides nucléiques : l'influence de leur structure et leur séquence sur les manipulations en pratique - Les outils : les enzymes utilisés lors de la manipulation et analyse de l'ADN/ARN - Les vecteurs pour le clonage et l'expression de l'ADN recombinante - Les stratégies : comment fait-on pour analyse, isoler, et exprimer un gène - Les perspectives : introduction au séquençage NGS et les analyses haut debit -omics
      TD : exercices sur les principes de manipulation enzymatique de l'ADN pour le clivage et clonage et caractérisation par analyse de restriction, PCR, et analyse de blots (Southern, Northern, Western)
      TP : Analyse de restriction d'un plasmide
      
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    Module 4.1 : Métabolisme et biologie moléculaire 2
    UE 66 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 4.2 :Bio. de la reproduction ou exploration du vivant (UE)8 Crédits ECTS
      • Module 4.2a : Biologie de la reproduction (Élément Constitutif)72 h - 8 Crédits ECTS
        • EP4.2a1 Biologie de la reproducion & du developpement animal (Élément Constitutif)36 h - 4 Crédits ECTS
          • EP4.2a1 Biologie de la reproducion & du dev. animal CM (Cours Magistral)18 h
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          EP4.2a1 Biologie de la reproducion & du dev. animal CM
          Cours Magistral 18 h
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          • EP4.2a1 Biologie de la reproducion & du dev. animal TD (Travaux Dirigés)8 h
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          EP4.2a1 Biologie de la reproducion & du dev. animal TD
          Travaux Dirigés 8 h
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          • EP4.2a1 Biologie de la reproducion & du dev. animal TP (Travaux Pratiques)10 h
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          EP4.2a1 Biologie de la reproducion & du dev. animal TP
          Travaux Pratiques 10 h
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        EP4.2a1 Biologie de la reproducion & du developpement animal
        Élément Constitutif 36 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs
        Étudier les processus mis en jeu pour la Reproduction et le développement des vertébrés et des invertébrés
        Contenu:
        CM :
        Biologie de la Reproduction animale : Les différents modes de reproduction chez les invertébrés et les vertébrés : reproduction asexuée et sexuée - Le processus de formation et de différenciation des gamètes chez les vertébrés, plus particulièrement chez les mammifères et les amphibiens : lignée germinale et gamétogenèse - Le contrôle endocrinien de la gamétogenèse : hormones hypophysaires et stéroïdiennes - Le mécanisme de la fécondation - L’infertilité mâle et femelle.
        Biologie du développement animal : Les grandes étapes de l’embryogenèse chez les oiseaux et chez les mammifères - Les mécanismes de contrôle du développement embryonnaire : induction, régulations, processus morphogénétiques - L’organogenèse - Les annexes embryonnaires.
        TD: Exercices approfondissant les CM.
        TP : Mise en évidence des organes de la reproduction chez les vertébrés et les invertébrés. Observation et description du développement embryonnaire chez l’amphibien.
        
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        • EP4.2a2 Bio. de la reproducion & du développement végétal (Élément Constitutif)36 h - 4 Crédits ECTS
          • EP4.2a2 Bio. de la reproducion & du développement végétal CM (Cours Magistral)19 h
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          EP4.2a2 Bio. de la reproducion & du développement végétal CM
          Cours Magistral 19 h
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          • EP4.2a2 Bio. de la reproducion & du développement végétal TP (Travaux Pratiques)17 h
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          EP4.2a2 Bio. de la reproducion & du développement végétal TP
          Travaux Pratiques 17 h
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        EP4.2a2 Bio. de la reproducion & du développement végétal
        Élément Constitutif 36 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs
        Connaitre et comprendre les mécanismes généraux du cycle de vie des Angiospermes, avec la germination de la graine, la mise en place et le fonctionnement de l’appareil végétatif, puis la reproduction avec la floraison et la production des graines et des fruits.
        Contenu:
        Cours : Développement et organisation morphologique des appareils aérien et racinaire. Diversité anatomique et fonctionnelle des différents types tissulaires ou cellulaires formés. Compréhension des mécanismes sous-jacents au développement et au fonctionnement de l'appareil reproducteur des angiospermes couvrant la floraison, les modes de pollinisations, la fécondation, l’organisation des fruits et des graines, ainsi que les stratégies de dissémination des espèces. Introduction aux clés de détermination des grandes familles de plantes.
        TP : Anatomie des Angiospermes. Restitution graphique de l’observation des organes végétatifs des Monocotylédones et des Dicotylédones. Exploration de la reproduction des Angiospermes, depuis la fleur jusqu’au fruit et la germination de la graine : suivis morphologique et développemental. Initiation à la botanique à travers l’analyse florale
        
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      Module 4.2a : Biologie de la reproduction
      Élément Constitutif 72 h - 8 Crédits ECTS
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      • Module 4.2b : Exploration du vivant (Élément Constitutif)72 h - 8 Crédits ECTS
        • EP4.2b.1 Exploration du vivant : Méthodologie (Élément Constitutif)24 h - 2 Crédits ECTS
          • EP4.2b.1 Exploration du vivant : Méthodologie CM (Cours Magistral)10 h
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          EP4.2b.1 Exploration du vivant : Méthodologie CM
          Cours Magistral 10 h
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          • EP4.2b.1 Exploration du vivant : Méthodologie TD (Travaux Dirigés)8 h
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          EP4.2b.1 Exploration du vivant : Méthodologie TD
          Travaux Dirigés 8 h
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          • EP4.2b.1 Exploration du vivant : Méthodologie TP (Travaux Pratiques)6 h
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          EP4.2b.1 Exploration du vivant : Méthodologie TP
          Travaux Pratiques 6 h
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        EP4.2b.1 Exploration du vivant : Méthodologie
        Élément Constitutif 24 h - 2 Crédits ECTS
        Objectifs : Notions des principales étapes de purification, d’analyse et de quantification de composés biologiques
        Contenu:
        Cours : Principes de purification, de détection et de quantification de composés biologiques. (principales techniques abordées : centrifugations, chromatographies, électrophorèses, Western Blot, dosage ELISA, dosage RIA, spectrophotométrie, spectrofluorime´trie, …).
        TD : Application du cours sous forme d’exercices.
        TP : Analyse protéique de composé biologique après séparation par électrophorèse et analyse par densitométrie.
        
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        • EP4.2b.2 Exploration du vivant : Outils d'analyse (Élément Constitutif)24 h - 3 Crédits ECTS
          • EP4.2b.2 Exploration du vivant : Outils d'analyse CM (Cours Magistral)12 h
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          EP4.2b.2 Exploration du vivant : Outils d'analyse CM
          Cours Magistral 12 h
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          • EP4.2b.2 Exploration du vivant : Outils d'analyse TD (Travaux Dirigés)12 h
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          EP4.2b.2 Exploration du vivant : Outils d'analyse TD
          Travaux Dirigés 12 h
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        EP4.2b.2 Exploration du vivant : Outils d'analyse
        Élément Constitutif 24 h - 3 Crédits ECTS
        Objectifs :
        Aborder les outils d’analyses pour explorer le vivant d’un point de vue microscopique par imagerie et moléculaire par spectrométrie.
        Contenu:
        Cours :
        - Méthodes d’analyse spectroscopique : Spectroscopie par résonance magnétique nucléaire appliquées au vivant (in vivo et in vitro), Spectrométrie de masse.
        - Méthodes d’imagerie (Microscopie optique et électronique).
        TD :
        – Spectroscopie analytique : analyse de spectres. Exemple d’application en biologie
        – Modalités d’utilisation des différents types de microscopie et exercices d’application de la microscopie optique à fluorescence.
        
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        • EP4.2b.3 Exploration du vivant : Pharmacologie (Élément Constitutif)24 h - 3 Crédits ECTS
          • EP4.2b.3 Exploration du vivant : Pharmacologie CM (Cours Magistral)14 h
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          EP4.2b.3 Exploration du vivant : Pharmacologie CM
          Cours Magistral 14 h
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          • EP4.2b.3 Exploration du vivant : Pharmacologie TD (Travaux Dirigés)10 h
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          EP4.2b.3 Exploration du vivant : Pharmacologie TD
          Travaux Dirigés 10 h
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        EP4.2b.3 Exploration du vivant : Pharmacologie
        Élément Constitutif 24 h - 3 Crédits ECTS
        Objectifs : Comprendre les grands principes de la pharmacocinétique ie pouvoir suivre le devenir d'une substance de son lieu d’administration dans l'organisme jusqu’à son élimination. Cela permet d’estimer les variations de concentration d’une substance dues à la distribution d’une substance dans l’organisme, aux biotransformations subies et à son élimination.
        Contenu:
        Cours :
        Etude des processus de l’ADME (Absorption, Distribution, Métabolisme, et Élimination).
        mots clés : Volume de distribution ; Temps de demi-vie d’absorption, plasmatique et d’élimination ; Interactions médicamenteuses ; Débit de filtration glomérulaire (DFG)...
        TD :
        Les TD s’appuient sur de nombreux exercices d’applications des CM.
        
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      Module 4.2b : Exploration du vivant
      Élément Constitutif 72 h - 8 Crédits ECTS
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    Module 4.2 :Bio. de la reproduction ou exploration du vivant
    UE - 8 Crédits ECTS
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    • Module 4.3 : Projet professionel (UE)8 Crédits ECTS
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    Module 4.3 : Projet professionel
    UE - 8 Crédits ECTS
    Objectifs : Approfondissement scientifique sous la forme d’un tutorat d’un groupe d’étudiants par un enseignant et/ou chercheur.
    Contenu:
    TD : Les étudiants doivent réaliser un mémoire en anglais sur une thématique scientifique spécifique. La réalisation de ce mémoire est encadrée par un enseignant ou un chercheur spécialiste du domaine choisi par les étudiants.
    Une présentation orale en anglais devant un jury de scientifiques et d’enseignants en anglais finalisera le travail des étudiants. Un renforcement en anglais de 10h est dédié à l’aide à la réalisation du mémoire et de la présentation orale.
    
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    • Module 4.4 : Compétences transversales (UE)60 h - 6 Crédits ECTS
      • EP4.4.1 Anglais (Élément Constitutif)28 h - 2 Crédits ECTS
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      EP4.4.1 Anglais
      Élément Constitutif 28 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs :
      L’objectif pédagogique est de rendre l’étudiant toujours plus autonome dans sa maîtrise de l’anglais.
      Il est donc donné à chaque étudiant les moyens de consolider et développer ses capacités dans les 5 compétences langagières telles qu’elles sont décrites dans le Cadre européen Commun de Référence des Langues (CECRL) : compréhension écrite, compréhension orale, expression écrite, expression orale en continu, expression orale en interaction.
      Contenu :
      TD : L’alternance séances de Travaux Dirigés / séances CRL favorise l’encadrement et l’individualisation des apprentissages.
      Les enseignements sont également conçus de façon à fournir les outils nécessaires à la validation de certifications nationales (CLES 2) et internationales (TOEIC par exemple), à l’insertion professionnelle et à la mobilité internationale.
      
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      • EP4.4.2 Statistiques appliquées à la biologie (Élément Constitutif)14 h - 2 Crédits ECTS
        • EP4.4.2 Statistiques appliquées à la biologie CM (Cours Magistral)2 h
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        EP4.4.2 Statistiques appliquées à la biologie CM
        Cours Magistral 2 h
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        • EP4.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TD (Travaux Dirigés)6 h
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        EP4.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TD
        Travaux Dirigés 6 h
        En savoir plus
        • EP4.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TP (Travaux Pratiques)6 h
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        EP4.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TP
        Travaux Pratiques 6 h
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      EP4.4.2 Statistiques appliquées à la biologie
      Élément Constitutif 14 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs Initiation aux outils statistiques
      Contenu:
      Cours : Principales méthodes de statistiques descriptives (moyenne, médiane, variance, écart-type, mode, étendue, histogramme, boîte à moustache, régression linéaire) et inductives (test de Student sur 1 ou 2 échantillons, de corrélation, test du chi-2)
      TD : Application à des jeux de données
      TP : Logiciel R
      
      En savoir plus
      • EP4.4.3 Ateliers Interdisciplinaires (Élément Constitutif)10 h - 2 Crédits ECTS
      ×
      EP4.4.3 Ateliers Interdisciplinaires
      Élément Constitutif 10 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs
      Cet enseignement a pour premier objectif de permettre aux étudiants de découvrir les liens qui existent entre les différentes disciplines enseignées en licence de Biologie et d’appréhender l’importance de cette interdisciplinarité dans le traitement de questions biologiques. Le rôle de cette intrication interdisciplinaire sera plus particulièrement illustré à travers des exemples mêlant chimie et biologie. Le second objectif de cette UE est consacré au renforcement des connaissances et de la maitrise de l’outil numérique par les étudiants. Il sera ainsi proposé aux étudiants de concevoir et réalisé une courte production numérique (vidéo) illustrant l’intérêt de combiner chimie et biologie dans le traitement de problématiques scientifiques et sociétales.
      Contenu:
      TD : Les étudiants travailleront autour de projets sélectionnés par l'équipe pédagogique combinant chimie et biologie. La démarche de conception doit impérativement comporter des phases de recherche et d'exploitation d’informations. Ce travail documentaire permet, à son tour, d'affiner la problématique et de décider du traitement le plus cohérent du sujet choisi. Sur cette base, les étudiants concevront un scénario traitant les points essentiels de leur sujet et réaliseront une vidéo de 5 min dans laquelle ils combineront présentation attractive et nouvelle de l’information scientifique avec une explication scientifique adaptée à des connaissances de licence.
      Cet enseignement est effectué sous la direction d’enseignants chimistes et biologistes qui seront des personnes ressources tout au long de l’élaboration du projet.
      
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      • EP4.4.4 Compétences numériques (PIX)18 h
        • EP4.4.4 Compétences numériques (PIX) TD (Travaux Dirigés)14 h
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        EP4.4.4 Compétences numériques (PIX) TD
        Travaux Dirigés 14 h
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        • EP4.4.4 Compétences numériques (PIX) TP (Travaux Pratiques)4 h
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        EP4.4.4 Compétences numériques (PIX) TP
        Travaux Pratiques 4 h
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      EP4.4.4 Compétences numériques (PIX)
      18 h
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    Module 4.4 : Compétences transversales
    UE 60 h - 6 Crédits ECTS
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  • Semestre 5
    • Module 5.1 : Génétique des populations/Ecologie ou réponse (UE)72 h - 8 Crédits ECTS
      • Choix EP2 M5.140 h - 4 Crédits ECTS
        • EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité (Élément Constitutif)40 h - 4 Crédits ECTS
          • EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité CM (Cours Magistral)16 h
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          EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité CM
          Cours Magistral 16 h
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          • EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité TD (Travaux Dirigés)8 h
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          EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité TD
          Travaux Dirigés 8 h
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          • EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité TP (Travaux Pratiques)16 h
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          EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité TP
          Travaux Pratiques 16 h
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        EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité
        Élément Constitutif 40 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs : Cet enseignement est une première approche des grands thèmes d’écologie des populations et de biodiversité ainsi que les applications possibles à la conservation des populations.
        
        Contenu:
        Cours : seront abordés les principaux paramètres biodémographiques - la modélisation de la croissance d’une population dans différentes situations de développement en temps discret et continu et les interactions entre populations (par exemple : compétition et prédation). La biologie de la conservation sera abordée par l’étude de concepts liés à l’utilisation des outils génétiques pour recenser la biodiversité et décrire les interactions biotiques. En particulier les méthodes de "code barre" ADN, de metabarcoding ADN et l’utilisation d’ADN environnemental seront abordées. L’impact des espèces invasives ainsi que l’impact de l’anthropisation et la disparition des habitats naturels seront également discutés à travers l’étude ce certains projets de recherche.
        
        TD/TP : Utilisation des outils mathématiques et statistiques (utilisation du logiciel R) en biologie des populations, construction et interprétation d’une table de vie.
        Mise en place de protocoles pour recenser la biodiversité à l’aise d’outils génétiques, utilisation des bases de données génétiques en ligne (BOLD et Genbank), utilisation d’outils informatiques pour l’analyse de données génétiques de type barcode et metabarcode. Application des indices de biodiversités à des jeux de données génétiques.
        
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        • EP5.1.2b Réponses des plantes à leur environnement abiotique (Élément Constitutif)40 h - 4 Crédits ECTS
          • EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique CM (Cours Magistral)24 h
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          EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique CM
          Cours Magistral 24 h
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          • EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique TD (Travaux Dirigés)8 h
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          EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique TD
          Travaux Dirigés 8 h
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          • EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique TP (Travaux Pratiques)8 h
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          EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique TP
          Travaux Pratiques 8 h
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        EP5.1.2b Réponses des plantes à leur environnement abiotique
        Élément Constitutif 40 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs : Comprendre ce qu’est la plasticité phénotypique, en quoi elle est importante chez les plantes, les facteurs qui peuvent la déclencher et la manière dont elle peut être mise en œuvre, à l’aide d’exemples concrets. 1) Comprendre les mécanismes de perception de la lumière et la façon dont celle-ci impacte certains processus développementaux des plantes. 2) Appréhender les mécanismes physiologiques et moléculaires déclenchés chez les plantes en réponse à des perturbations de leur environnement abiotique (stress hydrique, basse température, salin) et qui leur permettent ou non de tolérer ou s’acclimater à ces contraintes. Être en mesure de proposer des voies d’amélioration de la tolérance aux contraintes abiotiques. 3) Comprendre les différents types d’interaction existant entre les plantes et leurs conséquences sur l’accessibilité aux ressources.
        
        Contenu:
        Cours : Adaptation de la morphologie, de l’anatomie, du métabolisme et de la phénologie des plantes, i.e. la plasticité phénotypique, en réponse à des perturbations de leur environnement dans le contexte de la réponse à l’ombrage, de l’hétérophyllie ou encore de la réponse du système racinaire aux nutriments disponibles. Etude des différents types de photorécepteurs chez les plantes (structure, fonctionnement), ainsi que les différents processus qu’ils contrôlent. Physiologie des stress abiotiques et mécanismes de tolérance et d’acclimatation mis en place en réponse à ces contraintes. Interactions antagonistes (compétition, parasitisme) ou facilitatrices (coopération) entre plantes : exemple des cultures en association.
        TD : Approfondissement des cours par l’analyse de publications scientifiques sur des végétaux d’intérêts.
        TP : Analyse des perturbations géniques déclenchées par les stress abiotiques via une analyse bioinformatique de bases de données
        
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      Choix EP2 M5.1
      40 h - 4 Crédits ECTS
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      • EP5.1.1 Génétique des populations (Élément Constitutif)32 h - 4 Crédits ECTS
        • EP5.1.1 Génétique des populations CM (Cours Magistral)16 h
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        EP5.1.1 Génétique des populations CM
        Cours Magistral 16 h
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        • EP5.1.1 Génétique des populations TD (Travaux Dirigés)12 h
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        EP5.1.1 Génétique des populations TD
        Travaux Dirigés 12 h
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        • EP5.1.1 Génétique des populations TP (Travaux Pratiques)4 h
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        EP5.1.1 Génétique des populations TP
        Travaux Pratiques 4 h
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      EP5.1.1 Génétique des populations
      Élément Constitutif 32 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs :
      Cet enseignement a pour objectifs d’initier les étudiants aux principaux concepts de la génétique des populations, et de ses applications dans la recherche scientifique visant notamment à comprendre la structure et la dynamique de la diversité génétique au sein des populations naturelles animales et végétales. Maîtrise des principaux concepts de la génétique des populations, et de ses applications en écologie et biologie de la conservation
      Connaissances sur le polymorphisme et certains marqueurs moléculaires : définitions, principes et méthodes d’analyse en biologie moléculaire et génomique
      Notions de modèle théorique en écologie, modélisation mathématique, biomathématique, lois de probabilités et statistiques
      
      Contenu:
      CM : Les cours se structurent en trois parties :
      1) Organisation génétique des populations
      Les composantes de la structure génétique des populations, fréquences alléliques et génotypiques, le modèle de Hardy-Weinberg, l’influence du régime de reproduction, panmixie, autogamie, consanguinité et dépression de consanguinité
      2) Forces évolutives des populations
      Modèles de mutation, de migration, modèle de sélection directionnelle de viabilité, la dérive génétique et ses conséquences, étude des équilibres de fréquences alléliques, notion de différenciation génétique entre populations
      3) Mécanismes de maintien du polymorphisme dans les populations
      Importance du polymorphisme, le modèle mutation-sélection, avantage sélectif aux hétérozygotes, valeurs sélectives variables, modèles de sélection fréquence-dépendante et modèles multi-niches, le polymorphisme transitoire, théorie neutre de l’évolution moléculaire
      TD : Applications des principaux concepts de génétique des populations vus en cours par la résolution d’exercices
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    Module 5.1 : Génétique des populations/Ecologie ou réponse
    UE 72 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 5.2 : Relations plantes- organismes et projet (UE)68 h - 8 Crédits ECTS
      • EP5.2.1 Relations plantes organismes (Élément Constitutif)48 h - 5 Crédits ECTS
        • EP5.2.1 Relations plantes organismes CM (Cours Magistral)26 h
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        EP5.2.1 Relations plantes organismes CM
        Cours Magistral 26 h
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        • EP5.2.1 Relations plantes organismes TD (Travaux Dirigés)14 h
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        EP5.2.1 Relations plantes organismes TD
        Travaux Dirigés 14 h
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        • EP5.2.1 Relations plantes organismes TP (Travaux Pratiques)8 h
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        EP5.2.1 Relations plantes organismes TP
        Travaux Pratiques 8 h
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      EP5.2.1 Relations plantes organismes
      Élément Constitutif 48 h - 5 Crédits ECTS
      Objectifs : Cet enseignement propose une approche intégrative des concepts cellulaires, biochimiques et moléculaires afin de permettre aux étudiants de saisir les processus physiologiques sous-jacents à l'adaptation des plantes face aux pressions biotiques de leur environnement. Nous explorerons la coévolution entre les plantes et les animaux, comme l'imitation de la femelle d'un insecte par une fleur pour attirer les pollinisateurs, ainsi que les mécanismes de défense des plantes contre les micro-organismes pathogènes, en abordant les gènes de résistance et les stratégies de lutte biologique. Nous nous pencherons également sur les mécanismes de défense contre les herbivores, notamment les mécanismes moléculaires associées à cette interaction. Ce cours vise à développer les compétences d'analyse intégrative en biochimie et en biologie moléculaire, ainsi que la maîtrise des techniques de dosage physicochimique telles que la chromatographie en phase gazeuse. Dans le cadre des TPs, une attention sera portée sur l'utilisation de l'outil informatique R pour l'analyse avancée des données. Les étudiants auront ainsi l'opportunité d'acquérir une expertise approfondie dans ces domaines, renforçant ainsi leurs compétences analytiques et leur capacité à interpréter les résultats de manière rigoureuse et précise.
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      • EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire (Élément Constitutif)20 h - 3 Crédits ECTS
        • EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire CM (Cours Magistral)2 h
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        EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire CM
        Cours Magistral 2 h
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        • EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire TP (Travaux Pratiques)18 h
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        EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire TP
        Travaux Pratiques 18 h
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      EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire
      Élément Constitutif 20 h - 3 Crédits ECTS
      Objectifs
      Cet enseignement pratique immersif de 3 jours vise à développer les compétences expérimentales des étudiant.e.s mais aussi leur capacité à s’approprier un sujet de recherche, de s’impliquer dans les choix expérimentaux en fonction des problématiques traitées et enfin de travailler sur la mise en forme et l’interprétation de leurs résultats. Les connaissances acquises tout au long du cursus de licence seront exploitées dans cet enseignement qui se veut transdisciplinaire (terrain et collecte de spécimens adaptée à la question biologique, biologie moléculaire, biochimie, physiologie, approches haut débit, utilisation de bases de données publiques…).
      
      Contenu:
      Cours : Présentation du thème développer dans le TP sur les interactions des plantes avec les insectes en tant que vecteur de dispersion des virus. Le contexte scientifique sera exposé afin d’identifier des problématiques d’intérêts liées à ce sujet de recherche. Enfin, les diverses possibilités et le choix des outils expérimentaux qui seront mise en œuvre pendant le TP pour répondre à ces problématiques seront discutés.
      TP : Mise en œuvre des outils expérimentaux retenus pendant le cours (ex : Barcoding, ELISA…), mise en forme des résultats et interprétation.
      
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    Module 5.2 : Relations plantes- organismes et projet
    UE 68 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 5.3 : Anatomie-Physiologie animale et Ecologie (UE)68 h - 8 Crédits ECTS
      • EP5.3.1 Ecologie sensorielle (Élément Constitutif)30 h - 4 Crédits ECTS
        • EP5.3.1 Ecologie sensorielle CM (Cours Magistral)12 h
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        EP5.3.1 Ecologie sensorielle CM
        Cours Magistral 12 h
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        • EP5.3.1 Ecologie sensorielle TD (Travaux Dirigés)6 h
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        EP5.3.1 Ecologie sensorielle TD
        Travaux Dirigés 6 h
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        • EP5.3.1 Ecologie sensorielle TP (Travaux Pratiques)12 h
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        EP5.3.1 Ecologie sensorielle TP
        Travaux Pratiques 12 h
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      EP5.3.1 Ecologie sensorielle
      Élément Constitutif 30 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs
      L’objectif du module est de comprendre comment les organismes obtiennent, traitent, intègrent et utilisent les informations provenant de leur environnement pour localiser des ressources importantes pour leur survie.
      
      Contenu :
      Cours : Présentation des principes généraux de l’organisation morphologique, fonctionnement et évolution des divers systèmes sensoriels (visuel, chimique, mécanique, thermique, électrique, magnétique).
      TD : Discussion et questionnaires pour réviser et consolider les connaissances acquis en CM.
      TP : Expériences en laboratoire pour illustrer et consolider les principes de fonctionnement des divers systèmes sensorielles, en particulier sur l’Homme et des modèles animaux choisis.
      
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      • EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale (Élément Constitutif)38 h - 4 Crédits ECTS
        • EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale CM (Cours Magistral)16 h
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        EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale CM
        Cours Magistral 16 h
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        • EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale TD (Travaux Dirigés)10 h
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        EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale TD
        Travaux Dirigés 10 h
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        • EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale TP (Travaux Pratiques)12 h
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        EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale TP
        Travaux Pratiques 12 h
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      EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale
      Élément Constitutif 38 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs
      Connaitre les structures anatomiques et les grandes fonctions chez les animaux, a fin de comprendre la relation entre structure et fonction. Étudier l’anatomie et la physiologie de manière comparée.
      
      Contenu:
      Cours : Présentation des structures associées à des fonctions principales : circulation, respiration, digestion, locomotion, soutien. Les structures anatomiques et les fonctionnalités seront étudiées de manière comparée et évolutive.
      TD : Une des séances TD se tiendra au Muséum d’Histoire Naturelle de Tours où les aspects professionnels du travail au Muséum seront présentés : fonctionnement administrative, aspects juridiques, conservation du matériel, pédagogie. Les autres TD seront consacrés à la discussion sur les aspects comparatives et fonctionnelle de l’organisation anatomique des animaux.
      TP : Appliquer les connaissances dans les travaux pratiques. Observation des spécimens conservés et vivants, afin de comparer leur anatomie et comprendre celle-ci en termes de phylogénie et le mode de vie des différents groupes d’animaux.
      
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    Module 5.3 : Anatomie-Physiologie animale et Ecologie
    UE 68 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 5.4 : Compétences transversales (UE)54 h - 6 Crédits ECTS
      • EP5.4.1 Anglais (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
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      EP5.4.1 Anglais
      Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs
      L’objectif pédagogique est de rendre l’étudiant toujours plus autonome dans sa maîtrise de l’anglais.
      Il est donc donné à chaque étudiant les moyens de consolider et développer ses capacités dans les 5 compétences langagières telles qu’elles sont décrites dans le Cadre européen Commun de Référence des Langues (CECRL) : compréhension écrite, compréhension orale, expression écrite, expression orale en continu, expression orale en interaction.
      Contenu
      TD : L’alternance séances de Travaux Dirigés / séances CRL favorise l’encadrement et l’individualisation des apprentissages.
      Les enseignements sont également conçus de façon à fournir les outils nécessaires à la validation de certifications nationales (CLES 2) et internationales (TOEIC par exemple), à l’insertion professionnelle et à la mobilité internationale.
      
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      • EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie (Élément Constitutif)12 h - 2 Crédits ECTS
        • EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie CM (Cours Magistral)3 h
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        EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie CM
        Cours Magistral 3 h
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        • EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TD (Travaux Dirigés)4 h
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        EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TD
        Travaux Dirigés 4 h
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        • EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TP (Travaux Pratiques)5 h
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        EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TP
        Travaux Pratiques 5 h
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      EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie
      Élément Constitutif 12 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs : A partir de données récoltées, par exemple lors de stages, d’expériences en TP ou de sortie de terrain, les étudiants devront savoir quel test statistique appliquer en fonction du type de données obtenues (quantitatives, qualitatives, …) et comment l’utiliser pour pouvoir valider ou non leurs hypothèses et répondre à une question posée.
      Contenu:
      Cours : Test du ?2 - Tests non paramétriques de comparaison de 2 échantillons indépendants : Test des médianes, Mann-Whitney, Kolmogorov-Smirnov.
      TD : Applications de ces tests non paramétriques à des jeux de données.
      TP : Utilisation du logiciel R pour ces tests non paramétriques.
      
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      • EP5.4.3 Outils moléculaires (Élément Constitutif)20 h - 2 Crédits ECTS
        • EP5.4.3 Outils moléculaires CM (Cours Magistral)6 h
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        EP5.4.3 Outils moléculaires CM
        Cours Magistral 6 h
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        • EP5.4.3 Outils moléculaires TD (Travaux Dirigés)14 h
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        EP5.4.3 Outils moléculaires TD
        Travaux Dirigés 14 h
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      EP5.4.3 Outils moléculaires
      Élément Constitutif 20 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs
      Cet EP a pour objectif que les étudiants acquièrent les bases de biologie cellulaire et moléculaire en continuité des modules de L2SV et les techniques de biologie moléculaire nécessaires à l’étude des écosystèmes.
      Contenu
      Cours : Notions nécessaires à la compréhension des mécanismes de la régulation transcriptionnelle (3h) – Outils de biologie moléculaire : PCR, RT-PCR, Western-blot, ELISA, NGS (RNAseq-Métagénomique-DNA environnemental) (3h)
      TD : Exercices d’applications des notions vues en cours et analyse de résultats expérimentaux issus de publications scientifiques. Présentation de résultats expérimentaux et communication scientifique.
      
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      • EP5.4.4 Mobil4 h
        • EP5.4.4 Mobil CM (Cours Magistral)2 h
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        EP5.4.4 Mobil CM
        Cours Magistral 2 h
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        • EP5.4.4 Mobil TD (Travaux Dirigés)2 h
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        EP5.4.4 Mobil TD
        Travaux Dirigés 2 h
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      EP5.4.4 Mobil
      4 h
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    Module 5.4 : Compétences transversales
    UE 54 h - 6 Crédits ECTS
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  • Semestre 5
    • Semestre 5
      • Module 5.1 : Biologie cellulaire, Immunologie, Statistiques (UE)64 h - 8 Crédits ECTS
        • 5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire (Élément Constitutif)30 h - 4 Crédits ECTS
          • 5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire CM (Cours Magistral)18 h
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          5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire CM
          Cours Magistral 18 h
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          • 5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire TD (Travaux Dirigés)12 h
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          5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire TD
          Travaux Dirigés 12 h
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        5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire
        Élément Constitutif 30 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs : Cette EP permettra aux étudiants d’acquérir des notions disciplinaires approfondies de Biologie cellulaire et moléculaire ainsi que les méthodes d’analyse de résultats expérimentaux.
        Contenu:
        Cours : Organisation des génomes et structures des chromosomes eucaryotes. Voies de transduction de signal. Régulation épigénétique, transcriptionnelle, post-transcriptionnelle, traductionnelle de l’expression des gènes. Régulation du cycle cellulaire
        TD : Analyse de résultats expérimentaux issus d’articles scientifiques en anglais illustrant les notions scientifiques vues en cours
        
        En savoir plus
        • 5.1.2 Immunologie (Élément Constitutif)22 h - 2 Crédits ECTS
          • 5.1.2 Immunologie CM (Cours Magistral)12 h
          ×
          5.1.2 Immunologie CM
          Cours Magistral 12 h
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          • 5.1.2 Immunologie TD (Travaux Dirigés)6 h
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          5.1.2 Immunologie TD
          Travaux Dirigés 6 h
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          • 5.1.2 Immunologie TP (Travaux Pratiques)4 h
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          5.1.2 Immunologie TP
          Travaux Pratiques 4 h
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        5.1.2 Immunologie
        Élément Constitutif 22 h - 2 Crédits ECTS
        Objectifs : Découvrir les bases fondamentales de l’immunologie, ses concepts moléculaires ainsi que ses acteurs humoraux et cellulaires. Il s’agit de comprendre la dynamique des réponses immunitaires innées et adaptatives ainsi que certaines fonctions effectrices permettant l’élimination de l’agent pathogène. Des notions d’immunothérapies seront également abordées. Les TD et TP permettront aux étudiants d’appréhender les méthodologies d’exploration des réponses immunitaires développées à des fins de recherche fondamentale et pour le diagnostic clinique.
        Contenu:
        Cours : Les organes du système immunitaire, Les acteurs moléculaires et cellulaires impliqués lors des réponses immunitaires innées et adaptatives
        TD : Description des techniques utilisées en immunologie clinique et en recherche fondamentale - Exercices d’application
        TP : Observation de cellules immunitaires et mise en évidence d’une réaction antigènes/anticorps
        
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        • 5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie (Élément Constitutif)12 h - 2 Crédits ECTS
          • 5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie CM (Cours Magistral)3 h
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          5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie CM
          Cours Magistral 3 h
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          • 5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie TD (Travaux Dirigés)4 h
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          5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie TD
          Travaux Dirigés 4 h
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          • 5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie TP (Travaux Pratiques)5 h
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          5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie TP
          Travaux Pratiques 5 h
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        5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie
        Élément Constitutif 12 h - 2 Crédits ECTS
        Objectifs : A partir de données récoltées, par exemple lors de stages, d’expériences en TP ou de sortie de terrain, les étudiants devront savoir quel test statistique appliquer en fonction du type de données obtenues (quantitatives, qualitatives, …) et comment l’utiliser pour pouvoir valider ou non leurs hypothèses et répondre à une question posée.
        Contenu:
        Cours : Test du ?2 - Tests non paramétriques de comparaison de 2 échantillons indépendants : Test des médianes, Mann-Whitney, Kolmogorov-Smirnov.
        TD : Applications de ces tests non paramétriques à des jeux de données.
        TP : Utilisation du logiciel R pour ces tests non paramétriques.
        
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      Module 5.1 : Biologie cellulaire, Immunologie, Statistiques
      UE 64 h - 8 Crédits ECTS
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      • Module 5.2 : Compétences disciplinaires BS 1 (UE)62 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule (Élément Constitutif)62 h - 8 Crédits ECTS
          • EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule CM (Cours Magistral)26 h
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          EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule CM
          Cours Magistral 26 h
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          • EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule TD (Travaux Dirigés)28 h
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          EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule TD
          Travaux Dirigés 28 h
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          • EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule TP (Travaux Pratiques)8 h
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          EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule TP
          Travaux Pratiques 8 h
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        EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule
        Élément Constitutif 62 h - 8 Crédits ECTS
        Objectifs :
        Cette UE a pour objectif de donner aux étudiants les outils nécessaires pour l’analyse moléculaire de processus biologiques par l’élaboration de plans expérimentaux pouvant conduire à la rédaction d’un projet. Cette démarche intégrée est applicable aussi bien à l’étude d’une population, qu’au fonctionnement d’un tissu, d’une cellule procaryote ou d’une cellule eucaryote.
        Contenu :
        Cours : Technologies d’analyse de l’ADN (hybridation, PCR, séquençage, bio-informatique). Stratégies d’analyse moléculaire utilisant l’ADN (marqueurs moléculaires, clonage, base de données, empreintes génétiques, marqueurs épigénétiques, séquençage haut-débit) et de la modification des génomes (RNAi, CRISPR-Cas9). Protocoles expérimentaux pour l’étude de la production et la détection d’ARN -Le monde des petits ARN application aux cancers - Protocoles expérimentaux pour l’étude de la production et la détection des protéines - Étude des interactions acides nucléiques/protéines - Biotechnologie, Thérapie cellulaire et génique- Conceptualisation, mise en place d’un projet expérimental.
        TD : Analyse de résultats expérimentaux et analyse d’articles en anglais illustrant les notions développées en cours. Mise en place de projets expérimentaux pour répondre à des questions scientifiques et réflexions sur les résultats attendus. Production d’un poster et d’un résumé type colloque sur une thématique scientifique et exposition dans les locaux de la faculté des sciences.
        TP : Recherche d’informations sur un gène dans les bases de données web et construction d’un plan expérimental informatique pour l’expression d’un gène en cellules eucaryotes.
        
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        • EP5.2b Virologie (Élément Constitutif)62 h - 8 Crédits ECTS
          • EP5.2b Virologie CM (Cours Magistral)30 h
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          EP5.2b Virologie CM
          Cours Magistral 30 h
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          • EP5.2b Virologie TD (Travaux Dirigés)18 h
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          EP5.2b Virologie TD
          Travaux Dirigés 18 h
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          • EP5.2b Virologie TP (Travaux Pratiques)14 h
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          EP5.2b Virologie TP
          Travaux Pratiques 14 h
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        EP5.2b Virologie
        Élément Constitutif 62 h - 8 Crédits ECTS
        Objectifs
        Maîtriser la diversité des cycles de multiplication des virus et intégrer le déroulement d’une infection virale et ses mécanismes de régulation. Savoir analyser, mobiliser ses connaissances, communiquer et s’ouvrir à un travail collaboratif notamment à travers la présentation d’articles donnés en langue anglaise en groupe.
        Contenu:
        Cours : Cycle de réplication virale et particularité des grandes familles virales – Diversité, organisation et évolution des génomes viraux
        TD : Applications du cours sous forme de présentation d'articles et d’exercices..
        TP : Expression d’une protéine recombinante dans un système baculovirus-cellules d’insectes.
        Pré-requis : avoir suivi un enseignement de microbiologie générale et si possible de génétique et/ou de biologie moléculaire et cellulaire.
        
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        • EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires (Élément Constitutif)62 h - 8 Crédits ECTS
          • EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires CM (Cours Magistral)30 h
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          EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires CM
          Cours Magistral 30 h
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          • EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires TD (Travaux Dirigés)12 h
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          EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires TD
          Travaux Dirigés 12 h
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          • EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires TP (Travaux Pratiques)20 h
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          EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires TP
          Travaux Pratiques 20 h
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        EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires
        Élément Constitutif 62 h - 8 Crédits ECTS
        Objectifs
        Comprendre et se familiariser avec les grands principes de la physiologie impliquant les voies circulatoires et les vaisseaux sanguins en particulier. Seront enseignés les mécanismes de régulation dans des contextes physiologique et pathologique. Les exemples porteront sur les mammifères et notamment l'Homme.
        Contenu:
        Cours :
        Physiologie vasculaire : Caractéristique de la cellule musculaire lisse vasculaire, couplage excitation-contraction et contrôle de l’appareil contractile.
        Pathologies vasculaires : Rôle des vaisseaux sanguins dans des conditions pathologiques (resténose, hypertension, cancer…)
        TP : Activité contractile du muscle lisse vasculaire et simulation informatique des voies d’entrées du calcium.
        TD : A partir d’exemples, les enseignements rassemblent des exercices d’application des cours, des études de cas pathologiques et une préparation aux TP.
        
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      Module 5.2 : Compétences disciplinaires BS 1
      UE 62 h - 8 Crédits ECTS
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      • Module 5.3 : Compétences disciplinaires BS 2 (UE)66 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.3a Bactériologie (Élément Constitutif)66 h - 8 Crédits ECTS
          • EP5.3a Bactériologie CM (Cours Magistral)38 h
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          EP5.3a Bactériologie CM
          Cours Magistral 38 h
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          • EP5.3a Bactériologie TD (Travaux Dirigés)18 h
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          EP5.3a Bactériologie TD
          Travaux Dirigés 18 h
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          • EP5.3a Bactériologie TP (Travaux Pratiques)10 h
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          EP5.3a Bactériologie TP
          Travaux Pratiques 10 h
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        EP5.3a Bactériologie
        Élément Constitutif 66 h - 8 Crédits ECTS
        Objectifs
        Approfondir les connaissances sur la physiologie et le mode de vie des bactéries et sur la régulation de l’expression de leur génome, acquérir les concepts et approches techniques biochimiques et moléculaires pour l’identification des bactéries, intégrer le rôle des bactéries dans l’infectiologie, comprendre les relations entre les bactéries et leurs environnements. Trouver l’information pertinente, exploiter ses connaissances et développer son analyse notamment à travers l’étude de cas cliniques
        Contenu:
        Cours :
        Bactériologie : Identification phénotypique et génotypique des bactéries - Bactéries et santé (Quorum sensing, biofilm, pathogénicité, facteur de virulence, antibactériens) - Génie microbiologique - Cytosquelette et Histone-like - Organisation du génome des procaryotes ; particularités - Plasmides, éléments génétiques mobiles - Variations, mutations – microbiotes et leur importance.
        Parasitologie : diversité des parasites et exemples de cycles parasitaires
        TD : Applications du cours sous forme d'exercices - Etude de cas clinique - Présentation d'articles en langue française
        TP : Synthèse de biofilm - CMI/CMB/Antibiogramme - Sélection de mutants.
        Pré-requis : avoir suivi un enseignement de microbiologie générale.
        
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        • EP5.3b Physiologie des régulations 2 et Neuro-anatomie (Élément Constitutif)66 h - 8 Crédits ECTS
          • EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 (Élément Constitutif)36 h - 4 Crédits ECTS
            • EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 CM (Cours Magistral)16 h
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            EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 CM
            Cours Magistral 16 h
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            • EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 TD (Travaux Dirigés)12 h
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            EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 TD
            Travaux Dirigés 12 h
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            • EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 TP (Travaux Pratiques)8 h
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            EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 TP
            Travaux Pratiques 8 h
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          EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2
          Élément Constitutif 36 h - 4 Crédits ECTS
          Contenu:
          Cours : Physiologie rénale – Physiologie cardiaque – Physiologie respiratoire – Régulation de la pression artérielle – Régulation hydrique et acido-basique. Régulation électrolytique
          TD : Exercices sur les méthodes d'étude en physiologie et les différentes régulations (hydrique, acido-basique) – Étude de cas pathologiques
          TP : Mesure des paramètres physiologiques humains : mesure du pouls et de la pression artérielle – spirométrie – Réalisation d’un ECG- Mesure des différents paramètres lors d’un exercice physique.
          
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          • EP5.3b.2 Neuro-anatomie (Élément Constitutif)30 h - 4 Crédits ECTS
            • EP5.3b.2 Neuro-anatomie CM (Cours Magistral)20 h
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            EP5.3b.2 Neuro-anatomie CM
            Cours Magistral 20 h
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            • EP5.3b.2 Neuro-anatomie TD (Travaux Dirigés)10 h
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            EP5.3b.2 Neuro-anatomie TD
            Travaux Dirigés 10 h
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          EP5.3b.2 Neuro-anatomie
          Élément Constitutif 30 h - 4 Crédits ECTS
          Contenu:
          Cours : Bases neuro-anatomiques, fonctionnelles et cliniques du système nerveux central. Enseignement séquencé en six chapitres : 1. Généralités ; 2. Moelle spinale ; 3. Tronc cérébral ; 4. Cervelet ; 5. Cerveau ; 6. Synthèses. A travers ces chapitres, les bases neurobiologiques de la perception somato-sensorielle et de la motricité somatique seront abordées.
          TD : 1. Évolution du SNC, 2. Développement du SNC, 3. Motricité somatique, 4. Système neurovégétatif, 5. Exercice de neuro-anatomie clinique - révisions
          
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        EP5.3b Physiologie des régulations 2 et Neuro-anatomie
        Élément Constitutif 66 h - 8 Crédits ECTS
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        • EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions (Élément Constitutif)66 h - 8 Crédits ECTS
          • EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions CM (Cours Magistral)38 h
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          EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions CM
          Cours Magistral 38 h
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          • EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions TD (Travaux Dirigés)19 h
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          EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions TD
          Travaux Dirigés 19 h
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          • EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions TP (Travaux Pratiques)9 h
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          EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions TP
          Travaux Pratiques 9 h
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        EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions
        Élément Constitutif 66 h - 8 Crédits ECTS
        Objectifs
        Cet enseignement a pour but d’apporter aux étudiants des connaissances solides dans le domaine de la biochimie générale. Seront développés les aspects structuraux des principales classes de biomolécules (protéines, sucres, lipides) en relation avec leur fonction biologique ainsi que des éléments d’enzymologie générale. Les compétences acquises dans ce module permettront aux étudiants d’avoir une meilleure compréhension des phénomènes biologiques au niveau moléculaire.
        Contenu:
        Cours :
        Structure et fonction des protéines: acides aminés comme constituants des protéines, éléments de chimie des protéines, méthode d’étude des séquences, les différents niveaux d’organisation structurale, méthodes de détermination des structures 3D, relations structure-fonction, assemblages protéiques supramoléculaires : exemples des virus sphériques
        - Sucres et glycoconjugués: Structure et fonctions des oses simples et des glycoconjugués (protéoglycanes et glycoprotéines). Métabolisme des glycoprotéines. Rôle des glycoconjugués et des lectines dans les mécanismes de reconnaissances cellulaires
        - Lipides et membranes: Constituants membranaires et principes de l’organisation membranaire, Transports membranaires
        - Enzymologie générale: Nomenclature et classification, spécificité d'action des enzymes, cinétique des réactions à un substrat, mesure des activités enzymatiques, cinétique des réactions enzymatiques en présence d’inhibiteurs.
        TD : Exercices d’application portant sur : spectrophotométrie, structure des protéines, équilibres acido-basiques et solutions tampons, cinétique enzymatique
        TP : Étude fonctionnelle d’une protéase à sérine
        
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      Module 5.3 : Compétences disciplinaires BS 2
      UE 66 h - 8 Crédits ECTS
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      • Module 5.4 : Compétences transversales (UE)62 h - 6 Crédits ECTS
        • EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire (Élément Constitutif)40 h - 4 Crédits ECTS
          • EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire CM (Cours Magistral)1 h
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          EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire CM
          Cours Magistral 1 h
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          • EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire TD (Travaux Dirigés)10 h
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          EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire TD
          Travaux Dirigés 10 h
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          • EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire TP (Travaux Pratiques)29 h
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          EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire TP
          Travaux Pratiques 29 h
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        EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire
        Élément Constitutif 40 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs Cette EP a pour but de sensibiliser les étudiants aux moyens de traiter une question biologique par l’élaboration de stratégies d’analyses, la mise en œuvre de méthodologies expérimentales complémentaires faisant appel à plusieurs champs disciplinaires, la présentation et l’analyse de leurs résultats en adoptant une démarche scientifique, tout en considérant la biologie de manière intégrée, de l’organisme à la molécule.
        Contenu:
        La problématique scientifique repose sur l’analyse d’une thématique sous différents aspects : physiologique, bactériologique, génétique, moléculaire et biochimique.
        CM : Présentation générale du modèle d’étude et identification de problématiques scientifiques associées.
        TD : Outils à mettre en œuvre pour répondre à une question scientifique. Données pratiques à prendre en compte (calculs de dilution, molarité, dilution sérielle…). Présentation de résultats à l’identique d’une publication : droite étalon, histogrammes, résultats de gel. Méthodes d’analyse de résultats dans une démarche scientifique.
        TP : L’organisation de ce TP se fera sur la base de 18 étudiants par groupe, encadré par 1 enseignant. Le TP sera effectué sur une semaine en continu afin de mettre les étudiants en situation de mener et contrôler leur projet scientifique, de l’élaboration à l’analyse des résultats.
        
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        • EP5.4.2 Anglais (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
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        EP5.4.2 Anglais
        Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
        Objectifs :
        L’objectif pédagogique est de rendre l’étudiant toujours plus autonome dans sa maîtrise de l’anglais.
        Il est donc donné à chaque étudiant les moyens de consolider et développer ses capacités dans les 5 compétences langagières telles qu’elles sont décrites dans le Cadre européen Commun de Référence des Langues (CECRL) : compréhension écrite, compréhension orale, expression écrite, expression orale en continu, expression orale en interaction.
        Contenu :
        TD : L’alternance séances de Travaux Dirigés / séances CRL favorise l’encadrement et l’individualisation des apprentissages.
        Les enseignements sont également conçus de façon à fournir les outils nécessaires à la validation de certifications nationales (CLES 2) et internationales (TOEIC par exemple), à l’insertion professionnelle et à la mobilité internationale.
        
        En savoir plus
        • EP5.4.3 Mobil4 h
          • EP5.4.3 Mobil CM (Cours Magistral)2 h
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          EP5.4.3 Mobil CM
          Cours Magistral 2 h
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          • EP5.4.3 Mobil TD (Travaux Dirigés)2 h
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          EP5.4.3 Mobil TD
          Travaux Dirigés 2 h
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        EP5.4.3 Mobil
        4 h
        En savoir plus
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      Module 5.4 : Compétences transversales
      UE 62 h - 6 Crédits ECTS
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    Semestre 5
    En savoir plus
    • Semestre 5
      • Module 5.1 : Génétique des populations/Ecologie ou réponse (UE)72 h - 8 Crédits ECTS
        • Choix EP2 M5.140 h - 4 Crédits ECTS
          • EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité (Élément Constitutif)40 h - 4 Crédits ECTS
            • EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité CM (Cours Magistral)16 h
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            EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité CM
            Cours Magistral 16 h
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            • EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité TD (Travaux Dirigés)8 h
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            EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité TD
            Travaux Dirigés 8 h
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            • EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité TP (Travaux Pratiques)16 h
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            EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité TP
            Travaux Pratiques 16 h
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          EP5.1.2a Ecologie-Biodiversité
          Élément Constitutif 40 h - 4 Crédits ECTS
          Objectifs : Cet enseignement est une première approche des grands thèmes d’écologie des populations et de biodiversité ainsi que les applications possibles à la conservation des populations.
          
          Contenu:
          Cours : seront abordés les principaux paramètres biodémographiques - la modélisation de la croissance d’une population dans différentes situations de développement en temps discret et continu et les interactions entre populations (par exemple : compétition et prédation). La biologie de la conservation sera abordée par l’étude de concepts liés à l’utilisation des outils génétiques pour recenser la biodiversité et décrire les interactions biotiques. En particulier les méthodes de "code barre" ADN, de metabarcoding ADN et l’utilisation d’ADN environnemental seront abordées. L’impact des espèces invasives ainsi que l’impact de l’anthropisation et la disparition des habitats naturels seront également discutés à travers l’étude ce certains projets de recherche.
          
          TD/TP : Utilisation des outils mathématiques et statistiques (utilisation du logiciel R) en biologie des populations, construction et interprétation d’une table de vie.
          Mise en place de protocoles pour recenser la biodiversité à l’aise d’outils génétiques, utilisation des bases de données génétiques en ligne (BOLD et Genbank), utilisation d’outils informatiques pour l’analyse de données génétiques de type barcode et metabarcode. Application des indices de biodiversités à des jeux de données génétiques.
          
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          • EP5.1.2b Réponses des plantes à leur environnement abiotique (Élément Constitutif)40 h - 4 Crédits ECTS
            • EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique CM (Cours Magistral)24 h
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            EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique CM
            Cours Magistral 24 h
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            • EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique TD (Travaux Dirigés)8 h
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            EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique TD
            Travaux Dirigés 8 h
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            • EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique TP (Travaux Pratiques)8 h
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            EP5.1.2b Réponses plantes à leur environnement abiotique TP
            Travaux Pratiques 8 h
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          EP5.1.2b Réponses des plantes à leur environnement abiotique
          Élément Constitutif 40 h - 4 Crédits ECTS
          Objectifs : Comprendre ce qu’est la plasticité phénotypique, en quoi elle est importante chez les plantes, les facteurs qui peuvent la déclencher et la manière dont elle peut être mise en œuvre, à l’aide d’exemples concrets. 1) Comprendre les mécanismes de perception de la lumière et la façon dont celle-ci impacte certains processus développementaux des plantes. 2) Appréhender les mécanismes physiologiques et moléculaires déclenchés chez les plantes en réponse à des perturbations de leur environnement abiotique (stress hydrique, basse température, salin) et qui leur permettent ou non de tolérer ou s’acclimater à ces contraintes. Être en mesure de proposer des voies d’amélioration de la tolérance aux contraintes abiotiques. 3) Comprendre les différents types d’interaction existant entre les plantes et leurs conséquences sur l’accessibilité aux ressources.
          
          Contenu:
          Cours : Adaptation de la morphologie, de l’anatomie, du métabolisme et de la phénologie des plantes, i.e. la plasticité phénotypique, en réponse à des perturbations de leur environnement dans le contexte de la réponse à l’ombrage, de l’hétérophyllie ou encore de la réponse du système racinaire aux nutriments disponibles. Etude des différents types de photorécepteurs chez les plantes (structure, fonctionnement), ainsi que les différents processus qu’ils contrôlent. Physiologie des stress abiotiques et mécanismes de tolérance et d’acclimatation mis en place en réponse à ces contraintes. Interactions antagonistes (compétition, parasitisme) ou facilitatrices (coopération) entre plantes : exemple des cultures en association.
          TD : Approfondissement des cours par l’analyse de publications scientifiques sur des végétaux d’intérêts.
          TP : Analyse des perturbations géniques déclenchées par les stress abiotiques via une analyse bioinformatique de bases de données
          
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        Choix EP2 M5.1
        40 h - 4 Crédits ECTS
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        • EP5.1.1 Génétique des populations (Élément Constitutif)32 h - 4 Crédits ECTS
          • EP5.1.1 Génétique des populations CM (Cours Magistral)16 h
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          EP5.1.1 Génétique des populations CM
          Cours Magistral 16 h
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          • EP5.1.1 Génétique des populations TD (Travaux Dirigés)12 h
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          EP5.1.1 Génétique des populations TD
          Travaux Dirigés 12 h
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          • EP5.1.1 Génétique des populations TP (Travaux Pratiques)4 h
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          EP5.1.1 Génétique des populations TP
          Travaux Pratiques 4 h
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        EP5.1.1 Génétique des populations
        Élément Constitutif 32 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs :
        Cet enseignement a pour objectifs d’initier les étudiants aux principaux concepts de la génétique des populations, et de ses applications dans la recherche scientifique visant notamment à comprendre la structure et la dynamique de la diversité génétique au sein des populations naturelles animales et végétales. Maîtrise des principaux concepts de la génétique des populations, et de ses applications en écologie et biologie de la conservation
        Connaissances sur le polymorphisme et certains marqueurs moléculaires : définitions, principes et méthodes d’analyse en biologie moléculaire et génomique
        Notions de modèle théorique en écologie, modélisation mathématique, biomathématique, lois de probabilités et statistiques
        
        Contenu:
        CM : Les cours se structurent en trois parties :
        1) Organisation génétique des populations
        Les composantes de la structure génétique des populations, fréquences alléliques et génotypiques, le modèle de Hardy-Weinberg, l’influence du régime de reproduction, panmixie, autogamie, consanguinité et dépression de consanguinité
        2) Forces évolutives des populations
        Modèles de mutation, de migration, modèle de sélection directionnelle de viabilité, la dérive génétique et ses conséquences, étude des équilibres de fréquences alléliques, notion de différenciation génétique entre populations
        3) Mécanismes de maintien du polymorphisme dans les populations
        Importance du polymorphisme, le modèle mutation-sélection, avantage sélectif aux hétérozygotes, valeurs sélectives variables, modèles de sélection fréquence-dépendante et modèles multi-niches, le polymorphisme transitoire, théorie neutre de l’évolution moléculaire
        TD : Applications des principaux concepts de génétique des populations vus en cours par la résolution d’exercices
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      Module 5.1 : Génétique des populations/Ecologie ou réponse
      UE 72 h - 8 Crédits ECTS
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      • Module 5.2 : Relations plantes- organismes et projet (UE)68 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.2.1 Relations plantes organismes (Élément Constitutif)48 h - 5 Crédits ECTS
          • EP5.2.1 Relations plantes organismes CM (Cours Magistral)26 h
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          EP5.2.1 Relations plantes organismes CM
          Cours Magistral 26 h
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          • EP5.2.1 Relations plantes organismes TD (Travaux Dirigés)14 h
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          EP5.2.1 Relations plantes organismes TD
          Travaux Dirigés 14 h
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          • EP5.2.1 Relations plantes organismes TP (Travaux Pratiques)8 h
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          EP5.2.1 Relations plantes organismes TP
          Travaux Pratiques 8 h
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        EP5.2.1 Relations plantes organismes
        Élément Constitutif 48 h - 5 Crédits ECTS
        Objectifs : Cet enseignement propose une approche intégrative des concepts cellulaires, biochimiques et moléculaires afin de permettre aux étudiants de saisir les processus physiologiques sous-jacents à l'adaptation des plantes face aux pressions biotiques de leur environnement. Nous explorerons la coévolution entre les plantes et les animaux, comme l'imitation de la femelle d'un insecte par une fleur pour attirer les pollinisateurs, ainsi que les mécanismes de défense des plantes contre les micro-organismes pathogènes, en abordant les gènes de résistance et les stratégies de lutte biologique. Nous nous pencherons également sur les mécanismes de défense contre les herbivores, notamment les mécanismes moléculaires associées à cette interaction. Ce cours vise à développer les compétences d'analyse intégrative en biochimie et en biologie moléculaire, ainsi que la maîtrise des techniques de dosage physicochimique telles que la chromatographie en phase gazeuse. Dans le cadre des TPs, une attention sera portée sur l'utilisation de l'outil informatique R pour l'analyse avancée des données. Les étudiants auront ainsi l'opportunité d'acquérir une expertise approfondie dans ces domaines, renforçant ainsi leurs compétences analytiques et leur capacité à interpréter les résultats de manière rigoureuse et précise.
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        • EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire (Élément Constitutif)20 h - 3 Crédits ECTS
          • EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire CM (Cours Magistral)2 h
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          EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire CM
          Cours Magistral 2 h
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          • EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire TP (Travaux Pratiques)18 h
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          EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire TP
          Travaux Pratiques 18 h
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        EP5.2.2 Projet expérimental transdisciplinaire
        Élément Constitutif 20 h - 3 Crédits ECTS
        Objectifs
        Cet enseignement pratique immersif de 3 jours vise à développer les compétences expérimentales des étudiant.e.s mais aussi leur capacité à s’approprier un sujet de recherche, de s’impliquer dans les choix expérimentaux en fonction des problématiques traitées et enfin de travailler sur la mise en forme et l’interprétation de leurs résultats. Les connaissances acquises tout au long du cursus de licence seront exploitées dans cet enseignement qui se veut transdisciplinaire (terrain et collecte de spécimens adaptée à la question biologique, biologie moléculaire, biochimie, physiologie, approches haut débit, utilisation de bases de données publiques…).
        
        Contenu:
        Cours : Présentation du thème développer dans le TP sur les interactions des plantes avec les insectes en tant que vecteur de dispersion des virus. Le contexte scientifique sera exposé afin d’identifier des problématiques d’intérêts liées à ce sujet de recherche. Enfin, les diverses possibilités et le choix des outils expérimentaux qui seront mise en œuvre pendant le TP pour répondre à ces problématiques seront discutés.
        TP : Mise en œuvre des outils expérimentaux retenus pendant le cours (ex : Barcoding, ELISA…), mise en forme des résultats et interprétation.
        
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      Module 5.2 : Relations plantes- organismes et projet
      UE 68 h - 8 Crédits ECTS
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      • Module 5.3 : Anatomie-Physiologie animale et Ecologie (UE)68 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.3.1 Ecologie sensorielle (Élément Constitutif)30 h - 4 Crédits ECTS
          • EP5.3.1 Ecologie sensorielle CM (Cours Magistral)12 h
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          EP5.3.1 Ecologie sensorielle CM
          Cours Magistral 12 h
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          • EP5.3.1 Ecologie sensorielle TD (Travaux Dirigés)6 h
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          EP5.3.1 Ecologie sensorielle TD
          Travaux Dirigés 6 h
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          • EP5.3.1 Ecologie sensorielle TP (Travaux Pratiques)12 h
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          EP5.3.1 Ecologie sensorielle TP
          Travaux Pratiques 12 h
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        EP5.3.1 Ecologie sensorielle
        Élément Constitutif 30 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs
        L’objectif du module est de comprendre comment les organismes obtiennent, traitent, intègrent et utilisent les informations provenant de leur environnement pour localiser des ressources importantes pour leur survie.
        
        Contenu :
        Cours : Présentation des principes généraux de l’organisation morphologique, fonctionnement et évolution des divers systèmes sensoriels (visuel, chimique, mécanique, thermique, électrique, magnétique).
        TD : Discussion et questionnaires pour réviser et consolider les connaissances acquis en CM.
        TP : Expériences en laboratoire pour illustrer et consolider les principes de fonctionnement des divers systèmes sensorielles, en particulier sur l’Homme et des modèles animaux choisis.
        
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        • EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale (Élément Constitutif)38 h - 4 Crédits ECTS
          • EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale CM (Cours Magistral)16 h
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          EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale CM
          Cours Magistral 16 h
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          • EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale TD (Travaux Dirigés)10 h
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          EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale TD
          Travaux Dirigés 10 h
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          • EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale TP (Travaux Pratiques)12 h
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          EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale TP
          Travaux Pratiques 12 h
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        EP5.3.2 Anatomie et Physiologie animale
        Élément Constitutif 38 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs
        Connaitre les structures anatomiques et les grandes fonctions chez les animaux, a fin de comprendre la relation entre structure et fonction. Étudier l’anatomie et la physiologie de manière comparée.
        
        Contenu:
        Cours : Présentation des structures associées à des fonctions principales : circulation, respiration, digestion, locomotion, soutien. Les structures anatomiques et les fonctionnalités seront étudiées de manière comparée et évolutive.
        TD : Une des séances TD se tiendra au Muséum d’Histoire Naturelle de Tours où les aspects professionnels du travail au Muséum seront présentés : fonctionnement administrative, aspects juridiques, conservation du matériel, pédagogie. Les autres TD seront consacrés à la discussion sur les aspects comparatives et fonctionnelle de l’organisation anatomique des animaux.
        TP : Appliquer les connaissances dans les travaux pratiques. Observation des spécimens conservés et vivants, afin de comparer leur anatomie et comprendre celle-ci en termes de phylogénie et le mode de vie des différents groupes d’animaux.
        
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      Module 5.3 : Anatomie-Physiologie animale et Ecologie
      UE 68 h - 8 Crédits ECTS
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      • Module 5.4 : Compétences transversales (UE)54 h - 6 Crédits ECTS
        • EP5.4.1 Anglais (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
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        EP5.4.1 Anglais
        Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
        Objectifs
        L’objectif pédagogique est de rendre l’étudiant toujours plus autonome dans sa maîtrise de l’anglais.
        Il est donc donné à chaque étudiant les moyens de consolider et développer ses capacités dans les 5 compétences langagières telles qu’elles sont décrites dans le Cadre européen Commun de Référence des Langues (CECRL) : compréhension écrite, compréhension orale, expression écrite, expression orale en continu, expression orale en interaction.
        Contenu
        TD : L’alternance séances de Travaux Dirigés / séances CRL favorise l’encadrement et l’individualisation des apprentissages.
        Les enseignements sont également conçus de façon à fournir les outils nécessaires à la validation de certifications nationales (CLES 2) et internationales (TOEIC par exemple), à l’insertion professionnelle et à la mobilité internationale.
        
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        • EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie (Élément Constitutif)12 h - 2 Crédits ECTS
          • EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie CM (Cours Magistral)3 h
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          EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie CM
          Cours Magistral 3 h
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          • EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TD (Travaux Dirigés)4 h
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          EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TD
          Travaux Dirigés 4 h
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          • EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TP (Travaux Pratiques)5 h
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          EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TP
          Travaux Pratiques 5 h
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        EP5.4.2 Statistiques appliquées à la biologie
        Élément Constitutif 12 h - 2 Crédits ECTS
        Objectifs : A partir de données récoltées, par exemple lors de stages, d’expériences en TP ou de sortie de terrain, les étudiants devront savoir quel test statistique appliquer en fonction du type de données obtenues (quantitatives, qualitatives, …) et comment l’utiliser pour pouvoir valider ou non leurs hypothèses et répondre à une question posée.
        Contenu:
        Cours : Test du ?2 - Tests non paramétriques de comparaison de 2 échantillons indépendants : Test des médianes, Mann-Whitney, Kolmogorov-Smirnov.
        TD : Applications de ces tests non paramétriques à des jeux de données.
        TP : Utilisation du logiciel R pour ces tests non paramétriques.
        
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        • EP5.4.3 Outils moléculaires (Élément Constitutif)20 h - 2 Crédits ECTS
          • EP5.4.3 Outils moléculaires CM (Cours Magistral)6 h
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          EP5.4.3 Outils moléculaires CM
          Cours Magistral 6 h
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          • EP5.4.3 Outils moléculaires TD (Travaux Dirigés)14 h
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          EP5.4.3 Outils moléculaires TD
          Travaux Dirigés 14 h
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        EP5.4.3 Outils moléculaires
        Élément Constitutif 20 h - 2 Crédits ECTS
        Objectifs
        Cet EP a pour objectif que les étudiants acquièrent les bases de biologie cellulaire et moléculaire en continuité des modules de L2SV et les techniques de biologie moléculaire nécessaires à l’étude des écosystèmes.
        Contenu
        Cours : Notions nécessaires à la compréhension des mécanismes de la régulation transcriptionnelle (3h) – Outils de biologie moléculaire : PCR, RT-PCR, Western-blot, ELISA, NGS (RNAseq-Métagénomique-DNA environnemental) (3h)
        TD : Exercices d’applications des notions vues en cours et analyse de résultats expérimentaux issus de publications scientifiques. Présentation de résultats expérimentaux et communication scientifique.
        
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        • EP5.4.4 Mobil4 h
          • EP5.4.4 Mobil CM (Cours Magistral)2 h
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          EP5.4.4 Mobil CM
          Cours Magistral 2 h
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          • EP5.4.4 Mobil TD (Travaux Dirigés)2 h
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          EP5.4.4 Mobil TD
          Travaux Dirigés 2 h
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        EP5.4.4 Mobil
        4 h
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      Module 5.4 : Compétences transversales
      UE 54 h - 6 Crédits ECTS
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    Semestre 5
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  • Semestre 5
    • Module 5.1 : Biologie cellulaire, Immunologie, Statistiques (UE)64 h - 8 Crédits ECTS
      • 5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire (Élément Constitutif)30 h - 4 Crédits ECTS
        • 5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire CM (Cours Magistral)18 h
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        5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire CM
        Cours Magistral 18 h
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        • 5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire TD (Travaux Dirigés)12 h
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        5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire TD
        Travaux Dirigés 12 h
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      5.1.1 Biologie cellulaire et moléculaire
      Élément Constitutif 30 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs : Cette EP permettra aux étudiants d’acquérir des notions disciplinaires approfondies de Biologie cellulaire et moléculaire ainsi que les méthodes d’analyse de résultats expérimentaux.
      Contenu:
      Cours : Organisation des génomes et structures des chromosomes eucaryotes. Voies de transduction de signal. Régulation épigénétique, transcriptionnelle, post-transcriptionnelle, traductionnelle de l’expression des gènes. Régulation du cycle cellulaire
      TD : Analyse de résultats expérimentaux issus d’articles scientifiques en anglais illustrant les notions scientifiques vues en cours
      
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      • 5.1.2 Immunologie (Élément Constitutif)22 h - 2 Crédits ECTS
        • 5.1.2 Immunologie CM (Cours Magistral)12 h
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        5.1.2 Immunologie CM
        Cours Magistral 12 h
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        • 5.1.2 Immunologie TD (Travaux Dirigés)6 h
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        5.1.2 Immunologie TD
        Travaux Dirigés 6 h
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        • 5.1.2 Immunologie TP (Travaux Pratiques)4 h
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        5.1.2 Immunologie TP
        Travaux Pratiques 4 h
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      5.1.2 Immunologie
      Élément Constitutif 22 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs : Découvrir les bases fondamentales de l’immunologie, ses concepts moléculaires ainsi que ses acteurs humoraux et cellulaires. Il s’agit de comprendre la dynamique des réponses immunitaires innées et adaptatives ainsi que certaines fonctions effectrices permettant l’élimination de l’agent pathogène. Des notions d’immunothérapies seront également abordées. Les TD et TP permettront aux étudiants d’appréhender les méthodologies d’exploration des réponses immunitaires développées à des fins de recherche fondamentale et pour le diagnostic clinique.
      Contenu:
      Cours : Les organes du système immunitaire, Les acteurs moléculaires et cellulaires impliqués lors des réponses immunitaires innées et adaptatives
      TD : Description des techniques utilisées en immunologie clinique et en recherche fondamentale - Exercices d’application
      TP : Observation de cellules immunitaires et mise en évidence d’une réaction antigènes/anticorps
      
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      • 5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie (Élément Constitutif)12 h - 2 Crédits ECTS
        • 5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie CM (Cours Magistral)3 h
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        5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie CM
        Cours Magistral 3 h
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        • 5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie TD (Travaux Dirigés)4 h
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        5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie TD
        Travaux Dirigés 4 h
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        • 5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie TP (Travaux Pratiques)5 h
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        5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie TP
        Travaux Pratiques 5 h
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      5.1.3 Statistiques appliquées à la biologie
      Élément Constitutif 12 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs : A partir de données récoltées, par exemple lors de stages, d’expériences en TP ou de sortie de terrain, les étudiants devront savoir quel test statistique appliquer en fonction du type de données obtenues (quantitatives, qualitatives, …) et comment l’utiliser pour pouvoir valider ou non leurs hypothèses et répondre à une question posée.
      Contenu:
      Cours : Test du ?2 - Tests non paramétriques de comparaison de 2 échantillons indépendants : Test des médianes, Mann-Whitney, Kolmogorov-Smirnov.
      TD : Applications de ces tests non paramétriques à des jeux de données.
      TP : Utilisation du logiciel R pour ces tests non paramétriques.
      
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    Module 5.1 : Biologie cellulaire, Immunologie, Statistiques
    UE 64 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 5.2 : Compétences disciplinaires BS 1 (UE)62 h - 8 Crédits ECTS
      • EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule (Élément Constitutif)62 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule CM (Cours Magistral)26 h
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        EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule CM
        Cours Magistral 26 h
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        • EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule TD (Travaux Dirigés)28 h
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        EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule TD
        Travaux Dirigés 28 h
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        • EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule TP (Travaux Pratiques)8 h
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        EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule TP
        Travaux Pratiques 8 h
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      EP5.2a Stratégies moléculaires d'étude de la cellule
      Élément Constitutif 62 h - 8 Crédits ECTS
      Objectifs :
      Cette UE a pour objectif de donner aux étudiants les outils nécessaires pour l’analyse moléculaire de processus biologiques par l’élaboration de plans expérimentaux pouvant conduire à la rédaction d’un projet. Cette démarche intégrée est applicable aussi bien à l’étude d’une population, qu’au fonctionnement d’un tissu, d’une cellule procaryote ou d’une cellule eucaryote.
      Contenu :
      Cours : Technologies d’analyse de l’ADN (hybridation, PCR, séquençage, bio-informatique). Stratégies d’analyse moléculaire utilisant l’ADN (marqueurs moléculaires, clonage, base de données, empreintes génétiques, marqueurs épigénétiques, séquençage haut-débit) et de la modification des génomes (RNAi, CRISPR-Cas9). Protocoles expérimentaux pour l’étude de la production et la détection d’ARN -Le monde des petits ARN application aux cancers - Protocoles expérimentaux pour l’étude de la production et la détection des protéines - Étude des interactions acides nucléiques/protéines - Biotechnologie, Thérapie cellulaire et génique- Conceptualisation, mise en place d’un projet expérimental.
      TD : Analyse de résultats expérimentaux et analyse d’articles en anglais illustrant les notions développées en cours. Mise en place de projets expérimentaux pour répondre à des questions scientifiques et réflexions sur les résultats attendus. Production d’un poster et d’un résumé type colloque sur une thématique scientifique et exposition dans les locaux de la faculté des sciences.
      TP : Recherche d’informations sur un gène dans les bases de données web et construction d’un plan expérimental informatique pour l’expression d’un gène en cellules eucaryotes.
      
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      • EP5.2b Virologie (Élément Constitutif)62 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.2b Virologie CM (Cours Magistral)30 h
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        EP5.2b Virologie CM
        Cours Magistral 30 h
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        • EP5.2b Virologie TD (Travaux Dirigés)18 h
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        EP5.2b Virologie TD
        Travaux Dirigés 18 h
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        • EP5.2b Virologie TP (Travaux Pratiques)14 h
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        EP5.2b Virologie TP
        Travaux Pratiques 14 h
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      EP5.2b Virologie
      Élément Constitutif 62 h - 8 Crédits ECTS
      Objectifs
      Maîtriser la diversité des cycles de multiplication des virus et intégrer le déroulement d’une infection virale et ses mécanismes de régulation. Savoir analyser, mobiliser ses connaissances, communiquer et s’ouvrir à un travail collaboratif notamment à travers la présentation d’articles donnés en langue anglaise en groupe.
      Contenu:
      Cours : Cycle de réplication virale et particularité des grandes familles virales – Diversité, organisation et évolution des génomes viraux
      TD : Applications du cours sous forme de présentation d'articles et d’exercices..
      TP : Expression d’une protéine recombinante dans un système baculovirus-cellules d’insectes.
      Pré-requis : avoir suivi un enseignement de microbiologie générale et si possible de génétique et/ou de biologie moléculaire et cellulaire.
      
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      • EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires (Élément Constitutif)62 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires CM (Cours Magistral)30 h
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        EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires CM
        Cours Magistral 30 h
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        • EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires TD (Travaux Dirigés)12 h
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        EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires TD
        Travaux Dirigés 12 h
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        • EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires TP (Travaux Pratiques)20 h
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        EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires TP
        Travaux Pratiques 20 h
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      EP5.2c Physiopathologie des voies circulatoires
      Élément Constitutif 62 h - 8 Crédits ECTS
      Objectifs
      Comprendre et se familiariser avec les grands principes de la physiologie impliquant les voies circulatoires et les vaisseaux sanguins en particulier. Seront enseignés les mécanismes de régulation dans des contextes physiologique et pathologique. Les exemples porteront sur les mammifères et notamment l'Homme.
      Contenu:
      Cours :
      Physiologie vasculaire : Caractéristique de la cellule musculaire lisse vasculaire, couplage excitation-contraction et contrôle de l’appareil contractile.
      Pathologies vasculaires : Rôle des vaisseaux sanguins dans des conditions pathologiques (resténose, hypertension, cancer…)
      TP : Activité contractile du muscle lisse vasculaire et simulation informatique des voies d’entrées du calcium.
      TD : A partir d’exemples, les enseignements rassemblent des exercices d’application des cours, des études de cas pathologiques et une préparation aux TP.
      
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    Module 5.2 : Compétences disciplinaires BS 1
    UE 62 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 5.3 : Compétences disciplinaires BS 2 (UE)66 h - 8 Crédits ECTS
      • EP5.3a Bactériologie (Élément Constitutif)66 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.3a Bactériologie CM (Cours Magistral)38 h
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        EP5.3a Bactériologie CM
        Cours Magistral 38 h
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        • EP5.3a Bactériologie TD (Travaux Dirigés)18 h
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        EP5.3a Bactériologie TD
        Travaux Dirigés 18 h
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        • EP5.3a Bactériologie TP (Travaux Pratiques)10 h
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        EP5.3a Bactériologie TP
        Travaux Pratiques 10 h
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      EP5.3a Bactériologie
      Élément Constitutif 66 h - 8 Crédits ECTS
      Objectifs
      Approfondir les connaissances sur la physiologie et le mode de vie des bactéries et sur la régulation de l’expression de leur génome, acquérir les concepts et approches techniques biochimiques et moléculaires pour l’identification des bactéries, intégrer le rôle des bactéries dans l’infectiologie, comprendre les relations entre les bactéries et leurs environnements. Trouver l’information pertinente, exploiter ses connaissances et développer son analyse notamment à travers l’étude de cas cliniques
      Contenu:
      Cours :
      Bactériologie : Identification phénotypique et génotypique des bactéries - Bactéries et santé (Quorum sensing, biofilm, pathogénicité, facteur de virulence, antibactériens) - Génie microbiologique - Cytosquelette et Histone-like - Organisation du génome des procaryotes ; particularités - Plasmides, éléments génétiques mobiles - Variations, mutations – microbiotes et leur importance.
      Parasitologie : diversité des parasites et exemples de cycles parasitaires
      TD : Applications du cours sous forme d'exercices - Etude de cas clinique - Présentation d'articles en langue française
      TP : Synthèse de biofilm - CMI/CMB/Antibiogramme - Sélection de mutants.
      Pré-requis : avoir suivi un enseignement de microbiologie générale.
      
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      • EP5.3b Physiologie des régulations 2 et Neuro-anatomie (Élément Constitutif)66 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 (Élément Constitutif)36 h - 4 Crédits ECTS
          • EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 CM (Cours Magistral)16 h
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          EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 CM
          Cours Magistral 16 h
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          • EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 TD (Travaux Dirigés)12 h
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          EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 TD
          Travaux Dirigés 12 h
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          • EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 TP (Travaux Pratiques)8 h
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          EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2 TP
          Travaux Pratiques 8 h
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        EP5.3b.1 Physiologie des régulations 2
        Élément Constitutif 36 h - 4 Crédits ECTS
        Contenu:
        Cours : Physiologie rénale – Physiologie cardiaque – Physiologie respiratoire – Régulation de la pression artérielle – Régulation hydrique et acido-basique. Régulation électrolytique
        TD : Exercices sur les méthodes d'étude en physiologie et les différentes régulations (hydrique, acido-basique) – Étude de cas pathologiques
        TP : Mesure des paramètres physiologiques humains : mesure du pouls et de la pression artérielle – spirométrie – Réalisation d’un ECG- Mesure des différents paramètres lors d’un exercice physique.
        
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        • EP5.3b.2 Neuro-anatomie (Élément Constitutif)30 h - 4 Crédits ECTS
          • EP5.3b.2 Neuro-anatomie CM (Cours Magistral)20 h
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          EP5.3b.2 Neuro-anatomie CM
          Cours Magistral 20 h
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          • EP5.3b.2 Neuro-anatomie TD (Travaux Dirigés)10 h
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          EP5.3b.2 Neuro-anatomie TD
          Travaux Dirigés 10 h
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        EP5.3b.2 Neuro-anatomie
        Élément Constitutif 30 h - 4 Crédits ECTS
        Contenu:
        Cours : Bases neuro-anatomiques, fonctionnelles et cliniques du système nerveux central. Enseignement séquencé en six chapitres : 1. Généralités ; 2. Moelle spinale ; 3. Tronc cérébral ; 4. Cervelet ; 5. Cerveau ; 6. Synthèses. A travers ces chapitres, les bases neurobiologiques de la perception somato-sensorielle et de la motricité somatique seront abordées.
        TD : 1. Évolution du SNC, 2. Développement du SNC, 3. Motricité somatique, 4. Système neurovégétatif, 5. Exercice de neuro-anatomie clinique - révisions
        
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      EP5.3b Physiologie des régulations 2 et Neuro-anatomie
      Élément Constitutif 66 h - 8 Crédits ECTS
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      • EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions (Élément Constitutif)66 h - 8 Crédits ECTS
        • EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions CM (Cours Magistral)38 h
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        EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions CM
        Cours Magistral 38 h
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        • EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions TD (Travaux Dirigés)19 h
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        EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions TD
        Travaux Dirigés 19 h
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        • EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions TP (Travaux Pratiques)9 h
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        EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions TP
        Travaux Pratiques 9 h
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      EP5.3c Biomolécules : Structure-Fonctions
      Élément Constitutif 66 h - 8 Crédits ECTS
      Objectifs
      Cet enseignement a pour but d’apporter aux étudiants des connaissances solides dans le domaine de la biochimie générale. Seront développés les aspects structuraux des principales classes de biomolécules (protéines, sucres, lipides) en relation avec leur fonction biologique ainsi que des éléments d’enzymologie générale. Les compétences acquises dans ce module permettront aux étudiants d’avoir une meilleure compréhension des phénomènes biologiques au niveau moléculaire.
      Contenu:
      Cours :
      Structure et fonction des protéines: acides aminés comme constituants des protéines, éléments de chimie des protéines, méthode d’étude des séquences, les différents niveaux d’organisation structurale, méthodes de détermination des structures 3D, relations structure-fonction, assemblages protéiques supramoléculaires : exemples des virus sphériques
      - Sucres et glycoconjugués: Structure et fonctions des oses simples et des glycoconjugués (protéoglycanes et glycoprotéines). Métabolisme des glycoprotéines. Rôle des glycoconjugués et des lectines dans les mécanismes de reconnaissances cellulaires
      - Lipides et membranes: Constituants membranaires et principes de l’organisation membranaire, Transports membranaires
      - Enzymologie générale: Nomenclature et classification, spécificité d'action des enzymes, cinétique des réactions à un substrat, mesure des activités enzymatiques, cinétique des réactions enzymatiques en présence d’inhibiteurs.
      TD : Exercices d’application portant sur : spectrophotométrie, structure des protéines, équilibres acido-basiques et solutions tampons, cinétique enzymatique
      TP : Étude fonctionnelle d’une protéase à sérine
      
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    Module 5.3 : Compétences disciplinaires BS 2
    UE 66 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 5.4 : Compétences transversales (UE)62 h - 6 Crédits ECTS
      • EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire (Élément Constitutif)40 h - 4 Crédits ECTS
        • EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire CM (Cours Magistral)1 h
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        EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire CM
        Cours Magistral 1 h
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        • EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire TD (Travaux Dirigés)10 h
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        EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire TD
        Travaux Dirigés 10 h
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        • EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire TP (Travaux Pratiques)29 h
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        EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire TP
        Travaux Pratiques 29 h
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      EP5.4.1 Projet expérimental transdisciplinaire
      Élément Constitutif 40 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs Cette EP a pour but de sensibiliser les étudiants aux moyens de traiter une question biologique par l’élaboration de stratégies d’analyses, la mise en œuvre de méthodologies expérimentales complémentaires faisant appel à plusieurs champs disciplinaires, la présentation et l’analyse de leurs résultats en adoptant une démarche scientifique, tout en considérant la biologie de manière intégrée, de l’organisme à la molécule.
      Contenu:
      La problématique scientifique repose sur l’analyse d’une thématique sous différents aspects : physiologique, bactériologique, génétique, moléculaire et biochimique.
      CM : Présentation générale du modèle d’étude et identification de problématiques scientifiques associées.
      TD : Outils à mettre en œuvre pour répondre à une question scientifique. Données pratiques à prendre en compte (calculs de dilution, molarité, dilution sérielle…). Présentation de résultats à l’identique d’une publication : droite étalon, histogrammes, résultats de gel. Méthodes d’analyse de résultats dans une démarche scientifique.
      TP : L’organisation de ce TP se fera sur la base de 18 étudiants par groupe, encadré par 1 enseignant. Le TP sera effectué sur une semaine en continu afin de mettre les étudiants en situation de mener et contrôler leur projet scientifique, de l’élaboration à l’analyse des résultats.
      
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      • EP5.4.2 Anglais (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
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      EP5.4.2 Anglais
      Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs :
      L’objectif pédagogique est de rendre l’étudiant toujours plus autonome dans sa maîtrise de l’anglais.
      Il est donc donné à chaque étudiant les moyens de consolider et développer ses capacités dans les 5 compétences langagières telles qu’elles sont décrites dans le Cadre européen Commun de Référence des Langues (CECRL) : compréhension écrite, compréhension orale, expression écrite, expression orale en continu, expression orale en interaction.
      Contenu :
      TD : L’alternance séances de Travaux Dirigés / séances CRL favorise l’encadrement et l’individualisation des apprentissages.
      Les enseignements sont également conçus de façon à fournir les outils nécessaires à la validation de certifications nationales (CLES 2) et internationales (TOEIC par exemple), à l’insertion professionnelle et à la mobilité internationale.
      
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      • EP5.4.3 Mobil4 h
        • EP5.4.3 Mobil CM (Cours Magistral)2 h
        ×
        EP5.4.3 Mobil CM
        Cours Magistral 2 h
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        • EP5.4.3 Mobil TD (Travaux Dirigés)2 h
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        EP5.4.3 Mobil TD
        Travaux Dirigés 2 h
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      EP5.4.3 Mobil
      4 h
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    Module 5.4 : Compétences transversales
    UE 62 h - 6 Crédits ECTS
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  • Semestre 6
    • Module 6.1 : Génétique évolutive, Développement, adaptation (UE)72 h - 8 Crédits ECTS
      • EP6.1.1 Génétique et évolution (Élément Constitutif)32 h - 4 Crédits ECTS
        • EP6.1.1 Génétique et évolution CM (Cours Magistral)20 h
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        EP6.1.1 Génétique et évolution CM
        Cours Magistral 20 h
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        • EP6.1.1 Génétique et évolution TD (Travaux Dirigés)8 h
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        EP6.1.1 Génétique et évolution TD
        Travaux Dirigés 8 h
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        • EP6.1.1 Génétique et évolution TP (Travaux Pratiques)4 h
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        EP6.1.1 Génétique et évolution TP
        Travaux Pratiques 4 h
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      EP6.1.1 Génétique et évolution
      Élément Constitutif 32 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs
      Cet enseignement a pour objectif d’initier les étudiants aux principales approches de la génétique évolutive, et de ses applications dans la recherche scientifique visant à comprendre les mécanismes impliqués dans l’évolution de la biodiversité.
      Maîtrise des principaux concepts de la génétique des populations, et de ses applications en génétique/génomique évolutive. Connaissances sur le polymorphisme et certains marqueurs moléculaires : définitions, principes et méthodes d’analyse en biologie moléculaire et génomique. Notions de modèle théorique en écologie, modélisation mathématique, biomathématique, lois de probabilités et statistiques
      
      
      Contenu
      CM : Les cours se structurent en trois parties :
      1) Analyse approfondie du rôle de la sélection naturelle
      Modèles de sélection complexe, évolution des modes de reproduction, conflits génétiques, niveaux de sélection, sélection de parentèle, vision gène-centrée de l’évolution
      2) Introduction à la génétique quantitative
      Évolution à plusieurs loci, Les composantes génétiques et non-génétiques de la variance phénotypique, plasticité phénotypique, héritabilité, et sélection multi-traits
      3) Évolution moléculaire et phylogénie
      Théorie neutre de l’évolution moléculaire, les principaux modèles de substitutions nucléotidiques, signature moléculaire de la sélection, génomique comparative, principe de reconstruction phylogénétique, maximum de parcimonie, maximum de vraisemblance.
      TD : Applications des principaux concepts de génétique évolutive vus en cours par la résolution d’exercices
      TP : Analyse de données de génétique quantitative, analyses statistiques
      
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      • EP6.1.2 Développement du vivant, Evolution, Adaptation (Élément Constitutif)40 h - 4 Crédits ECTS
        • EP6.1.2 Développement du vivant. Evolution. Adaptation CM (Cours Magistral)22 h
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        EP6.1.2 Développement du vivant. Evolution. Adaptation CM
        Cours Magistral 22 h
        En savoir plus
        • EP6.1.2 Développement du vivant. Evolution. Adaptation TD (Travaux Dirigés)9 h
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        EP6.1.2 Développement du vivant. Evolution. Adaptation TD
        Travaux Dirigés 9 h
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        • EP6.1.2 Développement du vivant. Evolution. Adaptation TP (Travaux Pratiques)9 h
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        EP6.1.2 Développement du vivant. Evolution. Adaptation TP
        Travaux Pratiques 9 h
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      EP6.1.2 Développement du vivant, Evolution, Adaptation
      Élément Constitutif 40 h - 4 Crédits ECTS
      Objectifs : Comprendre les mécanismes moléculaires de l’organogenèse animale et végétale. Identifier les convergences du développement des organismes dans ces deux règnes et illustrer les liens entre évolutions des espèces et développement.
      
      Contenu :
      Cours : Édification de l'appareil végétatif des plantes, changement de phase et induction florale, organogenèse florale. Origine et évolution des gènes associés à ces processus dans le règne végétal. Mise en place du plan d’organisation et organogenèse chez les animaux. Conservation, diversification et évolution des gènes associés au développement embryonnaire animal. Compréhension des mécanismes génétiques et moléculaires du développement conservé entre les règnes végétal et animal : gènes homéotiques, protéines polycomb, divisions des cellules-souches (méristèmes). Ces aspects seront illustrés à travers l’étude de mutants d’organogenèse et différents exemples d'adaptation développementale au milieu de vie des organismes.
      TD : Exercices d’application inspirés de résultats expérimentaux publiés visant à élargir les champs abordés dans la partie cours. Analyse de publications scientifiques sur les thématiques d’évolution-développement et présentation orale.
      TP : Analyse de promoteurs organes-spécifiques grâce au suivi in vivo de l’expression de gènes rapporteurs, contrôle hormonal du développement végétatif en culture in vitro. Observations de mutants homéotiques floraux chez Arabidopsis. Suivi de l’organogenèse chez un modèle oiseau.
      
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    Module 6.1 : Génétique évolutive, Développement, adaptation
    UE 72 h - 8 Crédits ECTS
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    • Module 6.2 : Interaction des gènes aux écosystèmes (UE)60 h - 8 Crédits ECTS
      • Module 6.2 : Interaction des gènes aux écosystèmes CM (Cours Magistral)24 h
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      Module 6.2 : Interaction des gènes aux écosystèmes CM
      Cours Magistral 24 h
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      • Module 6.2 : Interaction des gènes aux écosystèmes TD (Travaux Dirigés)18 h
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      Module 6.2 : Interaction des gènes aux écosystèmes TD
      Travaux Dirigés 18 h
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      • Module 6.2 : Interaction des gènes aux écosystèmes TP (Travaux Pratiques)18 h
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      Module 6.2 : Interaction des gènes aux écosystèmes TP
      Travaux Pratiques 18 h
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    Module 6.2 : Interaction des gènes aux écosystèmes
    UE 60 h - 8 Crédits ECTS
    Objectifs
    L’enseignement portera sur les apports de la biologie cellulaire et de la génétique moléculaire pour comprendre les relations entre les organismes et leur environnement physique et biologique (interactions entre espèces). L’objectif est d’illustrer de façon concrète et plus accessible comment la compréhension des mécanismes moléculaires à la base de ces interactions peut permettre d’aborder les mécanismes d’adaptation des espèces à leur environnement. Ces thèmes seront illustrés par des exemples issus de l’ensemble du monde vivant et de différents écosystèmes.
    
    Contenu:
    Cours : Le cours présentera les approches de biologie cellulaire et moléculaire permettant d’étudier d’un point de vue fonctionnel des interactions entre espèces et entre espèces et leur environnement. Le cours sera centré sur des exemples issus de l’ensemble du monde vivant et de différents écosystèmes.
    TD : Travail en petits groupes sur des articles scientifiques en anglais. Une synthèse des articles sera présentée sous la forme d’un exposé oral lors d’un symposium scientifique organisé par les étudiants. L’objectif est de comprendre la démarche expérimentale mise en œuvre pour répondre à une question scientifique en écologie.
    TP : Le TP sera basé sur l’étude d’interactions entre espèces à l’échelle moléculaire. Les étudiants travailleront sur la mise au point du protocole expérimental. L’objectif est d’apprendre à mettre en œuvre un protocole à partir d’une question scientifique.
    
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    • Module 6.3 : Module de choix (UE)8 Crédits ECTS
      • EP6.3a Biologie du comportement et conservation (Élément Constitutif)72 h - 8 Crédits ECTS
        • EP6.3a Biologie du comportement et conservation CM (Cours Magistral)34 h
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        EP6.3a Biologie du comportement et conservation CM
        Cours Magistral 34 h
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        • EP6.3a Biologie du comportement et conservation TD (Travaux Dirigés)20 h
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        EP6.3a Biologie du comportement et conservation TD
        Travaux Dirigés 20 h
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        • EP6.3a Biologie du comportement et conservation TP (Travaux Pratiques)18 h
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        EP6.3a Biologie du comportement et conservation TP
        Travaux Pratiques 18 h
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      EP6.3a Biologie du comportement et conservation
      Élément Constitutif 72 h - 8 Crédits ECTS
      Objectifs
      Les étudiants acquerront des connaissances dans les grands domaines de l’étude du comportement animal. Cela leur permettra ensuite de mieux comprendre comment la prise en compte du comportement des animaux participe à la conservation des espèces menacées.
      Ils apprendront également les bases pour mener eux-mêmes une étude sur le comportement animal.
      Contenu:
      Cours :
      - Introduction à l’étude du comportement animal & fitness, sélection, optimisation
      - Développement des comportements (ontogénèse)
      - Apprentissage et empreinte
      - Contrôle du comportement, rythme biologique
      - Communication et perception
      - Exploitation des ressources alimentaires
      - Relations prédateurs- proies : courses aux armements
      - Régimes d’appariement et soins parentaux
      - Organisation sociale, coopération et altruisme
      - Dispersion, migration, orientation
      L’implication de ces différents comportements dans la conservation d’espèces menacées sera ensuite développée
      
      
      TD :
      Présentation de la démarche scientifique dans le cadre d’études du comportement animal. Ces séances seront mises en regard des TP.
      - Travail bibliographique (en petit groupe) sur les méthodes de protection d’une espèce menacée : Qu’apporte l’étude du comportement à la conservation de cette espèce ?
      
      - Rencontre avec des professionnels (e.g. éthologue du Parc Zoologique de la Haute-Touche) : comment le comportement des animaux est pris en compte pour améliorer le bien-être des animaux en captivité ?
      
      TP : TP par petits groupes (2-3 étudiants) :
      - 3 séances de TP guidés : étude possible des différents types de comportements tels que les comportements sexuels, sociaux, de dominance, de ponte, alimentaires, etc.. chez différentes espèces animales (9h TP)
      - 3 séances de TP-projet : les étudiants développent et mènent une étude comportementale sur le sujet de leur choix. (9hTP)
      
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      • EP6.3b (Élément Constitutif)72 h - 8 Crédits ECTS
        • EP6.3b.1 Evolution de la nutrition carbonée & des substances (Élément Constitutif)22 h - 4 Crédits ECTS
          • EP6.3b.1 Evolution de la nutrition carbonée & substances CM (Cours Magistral)12 h
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          EP6.3b.1 Evolution de la nutrition carbonée & substances CM
          Cours Magistral 12 h
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          • EP6.3b.1 Evolution de la nutrition carbonée & substances TD (Travaux Dirigés)4 h
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          EP6.3b.1 Evolution de la nutrition carbonée & substances TD
          Travaux Dirigés 4 h
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          • EP6.3b.1 Evolution de la nutrition carbonée & substances TP (Travaux Pratiques)20 h
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          EP6.3b.1 Evolution de la nutrition carbonée & substances TP
          Travaux Pratiques 20 h
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        EP6.3b.1 Evolution de la nutrition carbonée & des substances
        Élément Constitutif 22 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs
        Par l’étude de l’évolution de la phototrophie et de l’autotrophie carbonée chez les organismes photosynthétiques, comprendre comment et pourquoi la fonction photosynthétique s’est diversifiée, et les intérêts évolutifs/adaptatifs des différents types de photosynthèse (C4 et CAM). Acquisition de connaissances sur les métabolismes spécialisés (aussi dits secondaires), impliqués dans l’adaptation des plantes à leur environnement. Par des exemples concrets, comprendre leur rôle dans la plante, comprendre certaines notions relatives à l’évolution de ces métabolismes, et acquérir des connaissances quant à leur valorisation par l’homme.
        Contenu:
        Cours :
        Evolution de la phototrophie et de l’autotrophie carbonée chez les organismes photosynthétiques. Description des différents types de phototrophie, des bactéries photosynthétiques jusqu’aux végétaux. Propriétés enzymatiques de la RUBISCO, enzyme critique pour l’assimilation du CO2, et limitation des performances photosynthétiques des plantes C3. Description de la photorespiration, voie métabolique initiée par l’activité oxygénase de la RUBISCO : avantages et inconvénients. Description des photosynthèses de type C4 et CAM dans lesquelles la photorespiration est réduite, voire abolie, via des stratégies métaboliques et anatomiques : fonctionnements et limites.
        Descriptions des principaux métabolites spécialisés produits par les plantes depuis les alcaloïdes (ex : vincristine), les composés terpéniques et leur dérivés (ex : THC) ou les composés phénoliques (ex : resvératrol). Evolution de ces métabolismes : origine des gènes recrutés dans ces synthèses ; diversifications d’activité des enzymes qu’ils codent ; organisation spatiale de ces voies de biosynthèse dans les différents organes/tissus de la plante (ex : cellules spécialisés) ; organisation génomique en cluster des gènes de ces voies.
        
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        • EP6.3b.2 Biotechnologies vertes (Élément Constitutif)50 h - 4 Crédits ECTS
          • EP6.3b.2 Biotechnologies vertes CM (Cours Magistral)26 h
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          EP6.3b.2 Biotechnologies vertes CM
          Cours Magistral 26 h
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          • EP6.3b.2 Biotechnologies vertes TD (Travaux Dirigés)4 h
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          EP6.3b.2 Biotechnologies vertes TD
          Travaux Dirigés 4 h
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          • EP6.3b.2 Biotechnologies vertes TP (Travaux Pratiques)6 h
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          EP6.3b.2 Biotechnologies vertes TP
          Travaux Pratiques 6 h
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        EP6.3b.2 Biotechnologies vertes
        Élément Constitutif 50 h - 4 Crédits ECTS
        Objectifs
        Cet enseignement a pour objectif d’illustrer les principales techniques et les principaux concepts associés aux biotechnologies végétales employées dans des secteurs variés allant de la pharmacie (production de molécules/protéines d’intérêt), agronomie (acquisition accélérée de nouveaux caractères, amélioration des espèces) jusqu’au développement durable (phytoremédiation des sols/eaux, productions à impact environnemental limité). Cet EP abordera les diverses approches de transgénèse (agrobacterium, protoplastes...), d’intégration contrôlée de l’ADN transformant dans les génomes (TALENS, CRISPR/Cas9) mais aussi de sélection des individus transformés et du contrôle de l’expression des transgènes. Les notions de gènes rapporteurs, surexpression transitoire et d’utilisation de vecteurs viraux seront également abordées dans un contexte spécifique aux végétaux. Une part importante de ces enseignements se concentrera sur la valorisation des plantes à travers la présentation de nouvelles méthodes de culture comme les fermes verticales, ou bien leur utilisation en phytoremédiation pour la dépollution organique et inorganique des sols et de l’eau ou pour la production de protéines selon le principe du « molecular pharming ».
        
        Contenu:
        Cours : approches de transgénèse directes et indirectes – transformation stable et transitoire – utilisation des gènes marqueurs et des gènes rapporteurs – plateforme de production végétales (de la cellule à la plante entière) – optimisation de la production – CRISPR/Cas9 - mécanismes physiologiques permettant la remédiation des composés organiques et inorganiques et procédés biotechnologiques.
        TD : GM – préparation TP – révisions examens
        TP : Silencing de gènes par la technique du virus-induced gene silencing (VIGS) et modifications métaboliques engendrées - Production en masse de molécules/protéines d’intérêt par transformation transitoire de Nicotiana benthamiana
        
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      EP6.3b
      Élément Constitutif 72 h - 8 Crédits ECTS
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    Module 6.3 : Module de choix
    UE - 8 Crédits ECTS
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    • Module 6.4 : Compétences transversales (UE)54 h - 6 Crédits ECTS
      • EP6.4.1 Anglais (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
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      EP6.4.1 Anglais
      Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs :
      L’objectif pédagogique est de rendre l’étudiant toujours plus autonome dans sa maîtrise de l’anglais.
      Il est donc donné à chaque étudiant les moyens de consolider et développer ses capacités dans les 5 compétences langagières telles qu’elles sont décrites dans le Cadre européen Commun de Référence des Langues (CECRL) : compréhension écrite, compréhension orale, expression écrite, expression orale en continu, expression orale en interaction.
      
      Contenu :
      TD : L’alternance séances de Travaux Dirigés / séances CRL favorise l’encadrement et l’individualisation des apprentissages.
      Les enseignements sont également conçus de façon à fournir les outils nécessaires à la validation de certifications nationales (CLES 2) et internationales (TOEIC par exemple), à l’insertion professionnelle et à la mobilité internationale.
      
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      • EP6.4.2 Statistiques appliquées à la biologie (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
        • EP6.4.2 Statistiques appliquées à la biologie CM (Cours Magistral)5 h
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        EP6.4.2 Statistiques appliquées à la biologie CM
        Cours Magistral 5 h
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        • EP6.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TD (Travaux Dirigés)5 h
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        EP6.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TD
        Travaux Dirigés 5 h
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        • EP6.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TP (Travaux Pratiques)8 h
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        EP6.4.2 Statistiques appliquées à la biologie TP
        Travaux Pratiques 8 h
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      EP6.4.2 Statistiques appliquées à la biologie
      Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
      Objectifs :
      A partir de données récoltées, par exemple lors de stages, d’expériences en TP ou de sortie de terrain, les étudiants devront savoir quel test statistique appliquer en fonction du type de données obtenues (quantitatives, qualitatives, …) et comment l’utiliser pour pouvoir valider ou non leurs hypothèses et répondre à une question posée.
      
      Contenu:
      Cours : Tests non paramétriques de comparaison de deux échantillons appariés – de comparaison de plus de deux échantillons indépendants et appariés – de comparaison d’échantillons avec des données qualitatives : tests des Signes, Wilcoxon, Kruskal-Wallis, Friedman, Mac Nemar, Cochran.
      TD : Applications de ces tests non paramétriques à des jeux de données.
      TP : Utilisation du logiciel R pour ces tests non paramétriques.
      
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      • EP6.4.3 Cercip (Élément Constitutif)18 h - 2 Crédits ECTS
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      EP6.4.3 Cercip
      Élément Constitutif 18 h - 2 Crédits ECTS
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    Module 6.4 : Compétences transversales
    UE 54 h - 6 Crédits ECTS
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